舞台是TV系列最終話的之後。

戰兔產生出的「新世界」裡的故事。 桐生戰兔創造了新世界。

當中的人們，失去了一切與假面騎士及Sky Wall有關的記憶，和平地生活著。戰兔與搭檔・萬丈龍我在記錄之前的世界所發生的事情同時，一邊以販賣戰兔的發明品過活。 某一天，龍我與擁有假面騎士Cross-Z的記憶的神秘少女・馬渕由衣相遇。由衣說自己在之前的世界裡，被Cross-Z離棄成為了人體實驗的受害者，責備龍我。 與此同時，自稱“Killbas”的神秘地球外生命體突然從白色潘多拉嵌板裡出現，襲擊戰兔。Evolto的兄長，曾是Blood族之王的Killbas擬態成傳奇舞者・柿崎悟志的外貌。更襲擊龍我與由衣，縱使應戰在Killbas壓倒性的力量面前也陷入了危機。

但是，那一瞬間，有誰保護了龍我。而那真身就是――Evolto。 讓潘多拉盒子完全復活，以其力量企圖毀滅整個宇宙的Killbas。以潘多拉盒子的力量，昔日的同伴們取回記憶，於龍我的身邊集合。龍我與Evolto組成奇妙的搭檔，對抗Killbas威脅…！？到底龍我能夠拯救宇宙，以及拯救由衣？並且，Evolto真正的目的是什麼…？