Yamata, Jinnai et Nezumi, trois ninjas de la province d’Iga, sont occupés à mettre en déroute des adversaires plus proches de l’esclave SM que du shinobi, de retour d’une mission au cours de laquelle Yamata a fait preuve d’excès de zèle en faisant sauter le palais où il devait se contenter de quelque espionnage, lorsqu’ils voient une singulière boule de flamme traverser le ciel. Chargés par leur maître d’en savoir plus, et flanqués d’une autre équipe de guerriers menés par la belle Rin, eux aussi témoins du phénomène, les ninjas vont se retrouver aux prises avec de belliqueux extraterrestres…