戰勝綠妖後，性情溫和的彼得‧帕克（托貝‧馬奎爾 飾）強忍心痛拒絕了他今生惟一的至愛瑪麗‧珍（克爾斯滕‧鄧斯特 飾），決定用自己瘦弱的雙臂肩負起作為「蜘蛛俠」的責任。在得到蜘蛛俠神奇力量的2年多來，彼得一直過著不為人知的雙重生活。早上是普通的大學生，晚上則化身為擁有超能力的正義之士，為破滅城市的罪惡源泉為己任。然而雙重身份隨之引起微妙心理平衡被一一打破難以維繫，愛人朋友親戚逐漸懷疑他的真實身份；可怕的新敵人「章魚博士」（阿爾弗萊德‧莫利納 飾）也在這個時候出現。彼得必須用盡全力面對自己逐漸崩潰的生活與邪惡凶狠的敵人……