There used to be a boy who could control Yo-kai with a mysterious watch. However, he became unable to see Yo-kai when he became an adult. With the boy's duties finished, the watch was buried away in space-time. Then 30 years later, quiet everyday life comes to an end as a fateful day beging with a comet drawing near. The terrible Yo-kai virus Onimaro infects people's malevolent intentions and spreads infinitely. The one chosen by the Yo-kai Watch is the one who can save humanity from its crisis. The bond between humans and Yo-kai may be recovered with the attainment of a new Yo-kai Watch.

穏やかな日常は終わりを告げ、運命の日が始まろうとしていた。数千年に一度、地球を襲う最悪の妖怪ウィルス・鬼まろ。人の“悪意”に感染して無限に増殖していく…。 いちはやく異変に気づいたエンマ大王は人間と妖怪の滅亡の危機を救うため、いにしえの力を秘めた『妖怪ウォッチ エルダ』に選ばれし者を見つけだした。なんとそれはケータの娘・ナツメだった！ウィスパーから『エルダ』を受け取ったナツメは、妖気を操る少年・アキノリ、そして伝説の猫妖怪・ジバニャンたちと鬼まろ退治にのりだした。 いっぽう鬼まろは、闇を抱える少年・トウマと契約を交わし、“悪意”を増殖させる邪悪な『鬼眼ギア』を与える。トウマを利用し、次々と人の心を食らっていく鬼まろ。そして、鬼まろが集めた“悪意”が力をあたえ、最も恐ろしい鬼王・羅仙を蘇らせてしまった！

很久很久以前，世上存在一种神秘的妖怪手表。英勇的少年戴上手表后，就可自由操纵其中的妖怪，与邪恶势力作斗争。然而，当少年渐渐长大后，他便再也看不到身边的妖怪了。此时可以宣告使命完成，手表也将从少年身边消失。转眼过了三十多年，人们平静的生活被一颗正在逼近的彗星所打破。与此同时，可怕的妖怪病毒在人类社会肆意传播，将世界推向灭亡的边缘。能够拯救世界的，只有是被妖怪手表选中的救世主。新的手表、新的英雄相继出世，人类的命运即将迎来重要的时刻 。

過去，有個神秘男孩使用不可思議的妖怪手錶作戰，然而這名男孩始終會成長為大人，並且漸漸失去看見妖怪的能力。而完成使命的手錶也因此被遺忘在時間的洪流裡。

三十年後，原本和平安詳的日常卻遭受突如其來的彗星威脅，妖怪病毒趁機肆虐使人們感染「惡意」，病毒也因此而無線增殖擴散。全新的妖怪手錶將會找出被選召的孩子，與他一同展開全新冒險，重拾人類與妖怪的友情與羈絆。

도깨비왕 ‘라선’은 자신의 부활을 위해, 사악한 요괴 바이러스 ‘어둠깨비’를 지구에 퍼뜨리고 ‘어둠깨비’들은 외로운 소년 ‘서도영’을 통해 어둠의 힘을 증식시킨다. 한편 ‘염라대왕’의 지시를 받아 새로운 요괴워치의 주인을 찾던 ‘위스퍼’는 정의감이 강한 소녀 ‘윤단아’와 술법을 사용할 줄 아는 소년 ‘천유성’을 만난다. ‘윤단아’는 절체절명의 위기에서 벗어나기 위해 요괴들을 소환하기 시작하고, 요괴들에게는 라이트사이드&섀도사이드 두 개의 얼굴이 있다는 사실을 알게 된다. 그리고 마침내 시작된 운명의 전투!

De plot van deze film speelt zich 30 jaar na de originele serie af. Wanneer een meteoor op het punt staat de aarde te naderen, ontmoeten Summer Adams, Cole en Bruno elkaar en werken ze samen om de invasie van Onimaro te stoppen met de kracht van een nieuwe Yo-kai Watch en Yo-kai die kunnen wisselen tussen Lightside en Shadowside. . De film zelf dient als proloog op de anime Yo-kai Watch Shadowside, die een paar maanden na het debuut van de film in Japan in première ging.

O enredo deste filme se passa 30 anos após a série original. Quando um meteoro está prestes a se aproximar da Terra, Summer Adams, Cole e Bruno se encontram e trabalham juntos para impedir a invasão de Onimaro com o poder de um novo Yo-kai Watch e Yo-kai que pode mudar entre as formas Lightside e Shadowside. . O filme em si serve como prólogo para o anime Yo-kai Watch Shadowside, que estreou alguns meses após a estreia do filme no Japão.