1998年10月，卧底假扮业务员一个月的刑警青岛俊作（织田裕二饰）回到的原来的岗位——警视厅湾岸警察署刑事课。本以为可以休息片刻，但新案件接踵而至。放火杀人未遂事件引起警方注意，押解嫌疑人的途中，小堇（深津绘里饰）等人在处理另一个事件的途中，让嫌疑人逃脱了，小堇因此被总部调查。青岛为了小堇，誓要逮捕犯人，还小堇青白。但此时，青岛与警视庁刑事部捜査一课管理官室井慎次（柳叶敏郎）的信赖关系却出现了裂痕。高层的跟踪调查，嫌疑犯的不知所踪，青岛陷入了前所未有的危机之中。

1998年10月、会社内連続婦女暴行事件の内偵捜査を終え、青島は約1ヶ月ぶりに湾岸警察署に戻る。その矢先、管内で放火殺人未遂事件が発生し、青島も捜査に駆り出されることに。湾岸警察署に特別捜査本部が設置され第1回捜査会議が始まるが、その最中に被疑者が逮捕されて青島は意気消沈。さらに青島は本部を指揮する新城管理官から目の敵にされた上、苦手な裏付捜査をさせられる羽目に。その後、被疑者の供述から、被害者の恋人である相良純子という女性が犯行を依頼していたことが判明。程なく純子は成田空港で逮捕され、身柄を引き取りに行く捜査一課の南刑事に、青島、すみれ、真下の3人が同行することになる。ところが護送中立ち寄った店で強盗事件が発生し、そのどさくさに紛れて純子が逃走してしまう。 さらに、すみれに逃走幇助の疑いがかかり、警察庁首席監察官となっていた室井がその調査を命じられる。湾岸署を訪れすみれを聴取するが、なぜかすみれは釈然としない。純子がすみれに接触を図ることが考慮され、室井は青島と和久にすみれを監視させるが、なかなか純子は姿を見せず依然として行方がつかめない。すみれに監視を気づかれたことで和久が降りてしまい、青島は一人で監視を続けるものの捜査妨害を疑われ、今度は真下と雪乃が青島を監視する事態に。そんな中、純子がすみれに連絡してくる…。