平靜的龜有小鎮，一天，有人突然目擊到UFO，突然出現的神秘幾何圖案，更使得龜有鎮瞬間成為觀光聖地！同時，龜有派出所成員一行人前往夏威夷員工旅遊，要求麻煩製造者兩津留守在派出所。 　　從不放棄的兩津，竟然趁機潛入飛機的貸艙，靠著小聰明也到了夏威夷，但是，連在那兒都能製造出麻煩的兩津卻被當地警察通緝。 　　死命逃亡的兩津，被一位名叫米娜(???)的謎樣美少女所救，她的小飛機操控技術還真是一極棒。千鈞一髮死裡逃生的兩津，為了見到小學時期的好友－龍平，前往夏威夷的希洛，但是到了那，才發現龍平竟已死了，而他留下的女兒就是那謎樣美少女米娜，而一點也不相信龍平死了的兩津，為了探尋龍平生死真相，有勇無謀的和米娜一起乘小飛機回日本。 　　然而，當二人千辛萬苦地好不容易到達東京，東京竟被一能製造強力龍捲風，謎般的超巨大UFO給破壞了！！而且朝著他的家鄉龜有而去…。到底這巨大UFO藏著什麼樣的秘密呢？

由於葛飾區出現UFO，造成許多人圍觀熱潮，兩津看中UFO帶來的商機，因而假造UFO出現痕跡藉此大撈一筆，不料卻被所長識破，無法一起去夏威夷參加員工旅遊。心有不甘的兩津想到有位住在夏威夷，擅長操控UFO的同學──田中龍平，於是便偷渡到夏威夷，想找龍平合作大撈UFO觀光財。兩津費盡千辛萬苦抵達夏威夷後，得到的卻是龍平的死訊，但也意外得知偶然遇見的女孩美娜是龍平的女兒，在一次聆聽美娜歌唱表演的現場，兩津竟然見到應該已經死去的龍平，心生疑竇的兩津在深入追查後，發現了關於UFO事件的驚人秘密…

The movie starts off with Ryotsu (with Honda as his patsy) hatching another crackpot scam with a fake UFO sighting (via fake crop circles and a wire-hanging UFO). But the plan fails per usual, with the Kameari Park Police Box which results in Ohara punishes Ryotsu by subtracting him from the station's group vacation to Hawaii the following day.

平和な町・亀有に突然ふってわいたUFO目撃騒動、突如現れたミステリーサークルも手伝って、亀有はさながらUFOの一大観光名所！？そんな中、おなじみの派出所メンバー一行はトラブル・メーカー両津に留守番を言いつけ、慰安旅行でハワイへ…しかし、ハワイでもトラブルを巻き起こした両津は地元警察から指名手配される身に、必死に逃亡する両津を救ったのは、セスナを華麗なテクニックで操縦する謎の美少女ミーナだった。間一髪で窮地を脱した両津は、小学生時代の親友・竜平と再会するため一路ハワイ島のヒロへ。しかし、そこで両津は、竜平が愛娘を残し、既に謎の死をとげたという衝撃の事実を知る。そして、その娘こそがミーナだったのだ…にわかには信じられない話に、両津はミーナとともに竜平の死の謎を探るべく、無謀にもゼロ戦で日本へと向かう。しかし、二人がたどり着いた東京は、謎の超巨大UFOより発せられた強大な竜巻＜トルネード＞によって破壊されていたのだ！そして、その攻撃の矛先は愛すべき下町・亀有にも向けられようとしていた！はたしてUFOの正体は？竜平の死の謎とは？いま下町の、いや、人類の運命は、両津とミーナの手にゆだねられてしまった…

Los miembros de la comisaría de policía del parque Kameari van de vacaciones a Hawaii. Cuando llegan a Hawaii, Ryotsu Kankichi cree haber visto a un antiguo amigo que creía muerto, y cuando empieza a investigar el asunto junto con sus compañeros, descubren un plan terrorista de usar una máquina gigante con forma de platillo volante que provoca terroríficos tornados. Secuela de "Kochikame: The Movie".