公元2203年，星系中心的宇宙发生了一场重大灾难。另一个星系是从不同的维数断层中出现的，星系之间的碰撞发生在核恒星系统附近，许多恒星也消失了。 Susumu Kodai被地球防御部队命令为大和号太空战舰的队长，并前往调查。由前盟军戴斯勒（Desler）领导的加尔曼·加米拉苏（Garman Gamirasu）帝国被毁。

同时，在星际空间中迁移的水上行星“水瓶座”从超维断层出现，并淹没了丁吉尔星。大和从丁吉尔救出一个男孩后前往地球，但由于丁吉尔帝国舰队的袭击而无法航行。但是，自动驾驶系统由于坠落的影响而起作用，大和号带着受伤的船员前往地球。

地球从返回的大和情报中确认了水生行星的存在。开始疏散到每个星球和太空殖民地，以避免接近水生星球，但是在丁格尔舰队的熟练战术和超辐射导弹的攻击之前，疏散舰队和地球舰队被歼灭了。受阻。丁格尔酋长鲁加尔（Führer）的目标是将地球作为一个新的移民目的地。丁吉尔人采取的迁移到地球的方法是，在淹没地球并灭绝地球人类之后，人为地扭曲了淹没了自己恒星的水上星球“水瓶座”。

从大和号被奇迹般地救出的归来的杉田幸大幸得以幸免，因为他的情人森森由纪（Yuki Mori）受到了精心照料，但辞职后成为船长，因为他由于自己的错误判断而失去了许多船员的生命。当时，由卢加尔二世（Rugal II）领导的舰队摧毁了地球舰队，并一步步走向地球。大和号是唯一可以解决这一问题的人。在远古时代，他试图登上大和号，但由于辞去了船长而犹豫了。但是，他决定登上大和号，以响应在大和号的第一座桥上听到的第一任船长冲田裕三的声音。

在大和号离开的那天，地球防卫大臣宣布了一个惊人的消息。大和的队长是冲田裕三。在前往依斯干达的途中，冲田被大和的外科医生Sakezo确诊，但并未死于脑部死亡，而是返回了大和。在复活的冲田县之下，大和号开始响应整个地球的祈祷。

Het Galman Rijk werd vernietigd, maar de planeet Galmania nog niet, door een toevallige botsing van sterrenstelsels. De Bolar Federatie werelden waaronder Planet Bolar worden hierdoor vernietigd. De Yamato, terug onder het commando van Captain Okita, ontmoet de planeet Denguil te laat om zijn humanoïde beschaving te redden van overspoeling door de water planeet Waterman. De overlevende Denguili, een krijger ras die geloven dat alleen de sterken moeten overleven, zijn van plan om Aquarius te gebruiken om de Aarde te overspoelen en de mensheid te vernietigen, om zo een nieuwe thuis te creëren voor hun ras.

The Galman Empire is destroyed but the planet Galmania is not, by a chance collision of galaxies. The Bolar Federation worlds including Planet Bolar are destroyed. The Yamato, back under the command of Captain Okita, encounters the planet Denguil too late to save its humanoid civilization from being flooded by the water planet Aquarius. The surviving Denguil, a warrior race who believe only the strong should survive, plan to use Aquarius to flood Earth and destroy humanity, in order to create a new home for their race.

יאמטו הספינה האגדית יוצאת לעצור את כוכב המים אקווריוס ואנשי דינגאלמלהשמיד את הארץ. גם אם מדובר בהקרבתה של הספינה האגדית.זהו הסרט החמישי והאחרון המסיים את סאגת חלוצי החלל.

L'avvicinarsi del pianeta acquatico Aquarius minaccia la Terra, che rischia di essere inondato e distrutto. Non si tratta però di una casualità: Aquarius è entrato in rotta di collisione con la Terra per via delle macchinazioni dei Dinguil, una malvagia razza aliena che ha perso la propria madre patria nello stesso modo. Per l'ennesima volta, l'unica speranza per la Terra è rappresentata dalla corazzata spaziale Yamato che dovrà deviare la rotta di Aquarius e scongiurare la collisione con la Terra.

西暦２２０３年。大異変の調査に向かったヤマトは、宇宙を周回する水の惑星アクエリアス接近の影響で水没の危機に瀕した惑星ディンギルを発見。そこで１人の少年を救出するが、難を逃れたディンギル艦隊の攻撃を受けて大損害を被る。自動航行で地球に帰還したものの、責任を感じた古代進は艦長を辞任。一方、母星を失ったディンギル帝国は、アクエリアスを地球付近にワープさせ、水没による人類絶滅後に移住しようと企んでいた。

2203년, 물의 혹성 아쿠아리어스가 지구로 접근하고 있고 은하계 중심부에서는 이상 현상이 감지된다. 급습하는 수수께끼의 함대에 맞선 지금, 우주전함 야마토의 마지막 싸움이 시작된다!

O Império Galman foi destruído, mas o planeta Galmania não, por uma colisão casual de galáxias. Os mundos da Federação Bolar, incluindo o Planeta Bolar, são destruídos. O Yamato, de volta ao comando do Capitão Okita, encontra o planeta Denguil tarde demais para salvar sua civilização humanoide de ser inundada pelo planeta aquático Aquário. O sobrevivente Denguil, uma raça de guerreiros que acredita que apenas os fortes devem sobreviver, planeja usar Aquarius para inundar a Terra e destruir a humanidade, a fim de criar um novo lar para sua raça.

O Império Galman foi destruído, mas o planeta Galmania não, por uma colisão casual de galáxias. Os mundos da Federação Bolar, incluindo o Planeta Bolar, são destruídos. O Yamato, de volta ao comando do Capitão Okita, encontra o planeta Denguil tarde demais para salvar sua civilização humanoide de ser inundada pelo planeta aquático Aquário. O sobrevivente Denguil, uma raça de guerreiros que acredita que apenas os fortes devem sobreviver, planeja usar Aquarius para inundar a Terra e destruir a humanidade, a fim de criar um novo lar para sua raça.

Последняя глава в истории о могучем линкоре. К земле приближается неминуемая гибель в лице древней планеты некогда ставшей причиной зарождения жизни на планете Земля. Бесстрашному экипажу приходится вновь сплотить свои ряды дабы не дать свершится древнему пророчеству о гибели родной планеты. Как непобедимый экипаж будет противостоять угрозе? Кто готов встретиться с экипажем вновь и удастся ли справится с новой угрозой? Всё это вы узнаете в этом замечательном фильме!

Yıl 2199, Gamilon’ların dünyayı istila etmelerinin üstünden 5 yıl geçmiş, dünya yok olmanın eşiğindedir. İnsanlar Gamilonların bombardımanları sonucu oluşan yüksek radyasyon sebebi ile yeryüzünde yaşayamamaktadırlar. Yer altında yarattıkları yeni dünyada hayatlarını sürdürmektedirler. Eski bir pilot olan Kodai günlerden bir gün yeryüzünde çöpleri karıştırırken kaza geçirir. Bu kaza sonucu bir kapsül bulur. Iscandar adlı gezegenden gönderilen bu kapsüle göre Iscandar’dan bulunan bir cihaz yeryüzündeki bütün radyasyonu kaldırıp dünyaya özlenen eski hayatı geri getierecek güçtedir. Bunun üzerine Dünya Savunma Gücü harabe durumdaki Yamato’yu revize ederek Iscandar’a bu cihazı bulmak için yola çıkar. Ancak 148.000 ışık yılı uzaklıktaki Iscandar’a yolculuk sanıldığı kadar kolay geçmeyecektir.