Før Charles Xavier og Erik Lehnsherr tok navnene Professor X og Magneto, var de to unge menn som oppdaget kreftene sine for første gang. Og før de ble erkefiender, var de nære venner som jobbet sammen med andre mutanter for å forhindre en full atomkrig. I prosessen oppsto en alvorlig konflikt som ble roten til den evigvarende krigen mellom Magnetos tilhengere og X-mennene til professoren.

X-Men: First Class utspiller seg i stor grad på 60-tallet, en epoke da mutantene ennå ikke hadde gitt seg til kjenne for omverdenen. Det var begynnelsen på romfartsperioden, og en tid der JFK brakte håp. Men det var også en periode der den kalde krigen fant sted og spenningene mellom USA og Sovjetunionen truet hele verdensbildet.