Novi junak se zaplete v smrtonosno igro, ki so jo sprožili pretekli dogodki; s pomočjo genskih zmožnosti se mora boriti za življenje in razkriti zaroto. Legenda o skrivnostnem agentu Bournu, tokrat skozi oči in doživetja podobnega odpadniškega agenta Crossa. Kot se izkaže, je bil Bourne zgolj vrh ledene gore spletk in zarot, zato skuša agencija uničiti vse sledi njihovega nezakonitega vohunskega programa. Na seznamu za uničenje je tudi tajni agent Cross, toda s pomočjo neverjetnih borilnih spretnosti in gensko določenih zmožnosti mu uspe pobegniti. Na begu pred odločnim vodjo čiščenja Byerjem skuša Cross ugotoviti lastno identiteto in razkriti dvolično početje svojih delodajalcev, ki ga hočejo na vsak način ustaviti.