ある日、アンパンマンが海の上に大きな雲を見つけた。そこは立派な魔女になるために魔法の勉強をする『まほうの学校』であった。 アンパンマンが帰る時、生徒の1人であるリリカが送ってあげることになった。リリカはそこでジャムおじさん達と仲良くなり、しょくぱんまんやどんぶりまんトリオに魔法を見せてあげた。その時、その様子を見ていたばいきんまんとドキンちゃんがまほうの学校へと向かい、転校生に扮したのだが、呪文は滅茶苦茶で薬も作れない。そのため先生を困らせていた。 その夜、ばいきんまんとドキンちゃんは先生の部屋に忍び寄り、先生が寝た時を見計らって、大魔法が使える魔法の本と、杖と眼鏡を奪うことに成功。ばいきんまんは大魔法を使い、学校を闇の世界にしてしまう。 魔法の島に到着したアンパンマン達は学校内で何かあったことに気づき学校の中に入るのだが、様々な罠が仕掛けられていた。ここでリリカは誰かが魔法を使っていることに気づいた。しかも先生や仲間達は、大魔法で別の姿に変えられてしまっていた。ジャムおじさん達も学校内での様々な罠に巻き込まれ別の姿に変えられてしまい、アンパンマンもやられてしまった。 リリカは1人でばいきんまんに立ち向かうことに…。果たしてリリカは、学校や仲間達を元に戻すことが出来るのだろうか…。