Toto je příběh špionáže zemí "socialistického bloku" ve Vatikánu a úspěšném papežově odboji při infiltrování jeho oponentů. Tvůrci filmu se pokusili odhalit zákulisí her zpravodajských služeb na půdě nejmenší evropské země - Vatikánu. Zvolení polského kardinála za hlavu katolické církve se událo v ten nejcitlivější moment v historii vztahů Západu s Východem. Jan Pavel II. byl výrazným podporovatelem polského opozičního hnutí, ale na druhé straně se netajil svou kritikou kapitalismu. Téměř úspěšný pokus o atentát na papeže v r.1981, který Jan Pavel II. přežil téměř jakoby zázrakem, se stal klíčovým momentem ve vývoji Studené války v Evropě ... Tajná operace Pontifex se snaží objasnit málo známé období dějin Studené války - s pomocí výpovědí svědků, tajných dokumentů a investigativní, kterou autoři uskutečnili v Itálii, Polsku, USA a Německu proniknete do zákulisí boje dvou světů a dvou znepřátelených systémů ...

Der ehemalige US-Präsident Ronald Reagan war davon überzeugt, dass der Vatikan neben den USA und der Sowjetunion die dritte Supermacht sei. Selbst die ostdeutsche Stasi platzierte Topagenten im Umfeld des Papstes. Durch die Wahl von Johannes Paul II. rückte der Vatikan noch stärker ins Zentrum der Auseinandersetzung zwischen Ostblock und westlicher Welt.

Piazza San Pietro, 13 maggio 1981. Tre proiettili colpiscono Papa Wojtyla. Tentiamo di far luce su un evento che nasconde ancora molte ombre: fu un gesto isolato di un pazzo o un complesso intrigo internazionale?