1943年 欧洲战场局势神秘莫测，卡特兰的异形军横行霸道，不可一世，令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，凭借深藏体内的魔力与各种威胁人类存在的怪兽展开搏斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终败退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里 配音）即是其中的一员，战后她返回故乡扶桑皇国，以成为优秀的医师作为奋斗目标。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内田彩 配音）前来拜访，邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。身怀绝技的美丽魔法少女们从四面八方再次云集，欢乐玩笑之际，却不知贼心不死的异形军正悄悄逼近……

1943年 歐洲戰場局勢神秘莫測，卡特蘭的異形軍橫行霸道，不可一世，令世界籠罩在恐怖與死亡的陰影中。關鍵時刻，一群少女挺身而出，與邪魔軍團展開殊死較量。這些少女被稱為“魔法少女（Witch）”，自遠古時代她們便衝鋒陷陣，憑藉深藏體內的魔力與各種威脅人類存在的怪獸展開搏鬥。在魔法少女組成的機械化航空步兵的阻擊下，異形軍最終敗退，而這群女孩也功成身退，散落世界各地。美麗少女宮藤芳佳（福圓美里 配音）即是其中的一員，戰後她返回故鄉扶桑皇國，以成為優秀的醫師作為奮鬥目標。這一天，扶桑皇國海軍學校一號生服部靜夏（內田彩 配音）前來拜訪，邀請芳佳前往歐洲的威尼西亞公國留學。身懷絕技的美麗魔法少女們從四面八方再次雲集，歡樂玩笑之際，卻不知賊心不死的異形軍正悄悄逼近……

Yoshika Miyafuji heeft haar heksenkrachten verloren en studeert nu om arts te worden in de kliniek van haar familie. Ze krijgt de mogelijkheid om in het buitenland te gaan studeren. Shizuka Hattori, een nieuweling bij de Fuso-heksen, krijgt de taak om haar te begeleiden. In de tussentijd ontstaat een nieuwe groep Neuroi die alles op alles zet om de heksen proberen te vernietigen.

The year is 1939 - it was then that the Neuroi appeared. Nobody knows where they came from or what their ultimate agenda is, but the fact remains that their attacks drove people out of their towns and cities. In order to take arms against them, humanity develops a new anti-Neuroi weapon called the "Striker Unit." Using the power of magic to fight against the monsters, this new device enhances and amplifies the power of female magic-wielders. To use this device, young witches from all over the world have been brought together to form an elite task force unit called the 501st Joint Fighter Wing, commonly known as the "Strike Witches."

1945, l'Empire Fuso. Yoshika Miyafuji, qui a perdu ses pouvoirs de sorcière, a travaillé dur pour devenir médecin. Elle reçoit un jour la visite du soldat Shizuka Hattori qui lui annonce qu'elle est transférée en Europe.

Qu'adviendra t-il de Yoshika et Shizuka lors de leur voyage en Europe ?

Nach der Befreiung Romagnas scheint sich die Front beruhigt zu haben. Die Witches des 501st Joint Fighter Wing haben sich in alle Windrichtungen verstreut. Yoshika Miyafuji ist zum Pilot Officer befördert worden und ist in ihre Heimat Fuso zurückgekehrt. Ihr Leben verläuft normal, bis die Witch Shizuka erscheint und Yoshika einlädt, auf einer hohen medizinischen Universität in Europa zu studieren. Währenddessen tauchen erneut Neurois an den verschiedensten Ländergrenzen auf. Kaum in Europa angekommen, muss sich Miyafuji erneut im Kampf beweisen, an der Seite ihrer Freundinnen, den Strike Witches.

Dopo aver respinto la minaccia di un'invasione dei Neuroi in Romagna e aver distrutto il nido del nemico su Venezia, Yoshika Miyafuji torna nella sua città natale nell'Impero di Fusou. Nonostante la perdita delle sue capacità magiche e curative, l'ex ufficiale del 501st Joint Fighter Wing vuole continuare a studiare medicina. Questo per aiutare chi ha bisogno, sia i civili che quelli in prima linea. Riceve un invito da una prestigiosa scuola in Europa e decide di accettare l'offerta, intraprendendo un viaggio di ritorno nel continente devastato dalla guerra.

Tuttavia, sorge un nuovo pericolo, poiché sempre più Neuroi riescono a sfondare le linee di difesa umane, apparendo inosservati in aree apparentemente sicure e disturbando gli equilibri di potere in Europa. Il senso del dovere di Yoshiki si scontra con la sua incapacità di pilotare un'unità d'assalto, ma con i suoi amici in pericolo, sembra che possa fare solo una cosa.

第501統合戦闘航空団が本格的に解散し、魔法力を失った芳佳は扶桑皇国で医学校入学を目指して勉学に励んでいた。ロマーニャ解放後の1945年、扶桑皇国のウィッチ服部静夏軍曹が美緒の命を受けて現れて、欧州のヘルウェティア医学校からの招聘状を渡し、芳佳が留学するときには欧州まで護衛として自分が付き添うよう指示されていることを話す。最先端の医学が学べると意欲を燃やす芳佳は留学を決意し軍医少尉相当として現役復帰し、静夏と共に欧州へ向かう。一方、ガリアが解放されヴェネツィアのレガタ・ストリカの再開が予定されるなど、小康状態にある欧州だが、国境警備で確認されない不審なネウロイが現れていた。

제 501통합전투항공단이 본격적으로 해산되어, 마력을 상실한 요시카는 후소황국에서 의학교 입학을 목표로 공부에 열중하고 있었다. 로마냐 해방 후인 1945년, 후소황국의 위치인 핫토리 시즈카 중사가 나타나 유럽의 의사학교로부터의 초대장을 건네며, 요시카가 유학을 갈 때에는 자신이 유럽까지 호위로서 따라가도록 지시받았다고 이야기한다. 최첨단 의학을 배울 수 있다며 의욕을 불태우는 요시카는 유학을 결심하고 시즈카와 함께 유럽으로 향한다. 한편, 갈리아가 해방되어 베네치아 공국의 레가타 스토리카의 재개가 예정되는 등, 소강상태에 접어든 유럽이었지만, 국경에서 확인되지 않은 수상한 네우로이가 나타나고 있었다.

W 1945, Yoshika Miyafuji, która utraciła swoje moce wiedźmy podczas Strike Witches, studiuje, aby zostać lekarzem. Shizuka Hattori, jedna z jej uczennic w Imperial Fuso Navy, przybywa, aby dostarczyć wiadomość: Yoshika została przeniesiona na studia do Europy.

A história do filme desenrola-se na Europa onde Yoshika Miyafuji que perdeu os seus poderes na última missão das Strike Witches estuda para se tornar médica.

มนุษย์ได้ทำสงครามกับสัตว์ประหลาดมาตั้งแต่สมัยโบราณกาล ผู้ที่อยู่กองหน้าของสมรภูมิรบมาโดยตลอดก็คือผู้ที่มีพลังเวทมนตร์ ซึ่งเป็นเหล่าสาวน้อยที่มีอายุสิบกว่าขวบ ผู้ถูกขนานนามว่า "วิทช์" แต่ในปีค.ศ. 1939 ได้มีศัตรูที่แข็งแกร่งปรากฏตัวเหนือน่านฟ้ายุโรป มนุษยชาติเรียกพวกมันว่า "นิวรอยด์" ถึงแม้จะไม่รู้ว่านิวรอยด์มาจากไหน และมีจุดประสงค์อะไร แต่ความเป็นจริงที่ไม่อาจปฏิเสธได้ก็คือ บ้านเมืองและประเทศชาติของมนุษย์ที่เจริญรุ่งเรืองนั้นถูกพวกมันทำลาย ในการต่อกรกับนิวรอยด์นั้น มนุษย์ได้พัฒนาการเพิ่มพลังเวทย์ให้กับวิชส์ ซึ่งเป็นไม้กวาดเวทมนตร์แบบใหม่ที่สามารถบินเหินได้ เรียกว่า Striker unit จากนั้น เหล่าวิชส์ผู้มีพลังเวทย์ที่แข็งแกร่งจากทั่วทุกมุมโลก ได้ถูกเรียกไปรวมตัวกันเพื่อต่อสู้ให้กับแนวหน้าที่ยุโรป