物語は、大空を覆いつくさんばかりの超巨大浮遊要塞が突然飛来し、総攻撃を開始、世界の大都市が壊滅状態に陥るところからスタートする。仮面ライダーエグゼイド、宇宙戦隊キュウレンジャーが迎え撃つも、圧倒的な大きさと数を有する謎の敵にまったく歯が立たない。だが、その窮地を救うヒーローたちが現れる。死んだはずの九条貴利矢と、見たこともないヒーローの勇姿…。敵はどこから、一体何のために来たのか？命を落としたはずの者たちが、なぜ現れたのか？そして、勝利の行方は…？この途方もない強敵に打ち勝つ鍵は、ヒーローたちが新たな力を手にすること。異空間でレベルアップを繰り返し、「最強」を超えた「最強」のヒーローが誕生する時、想像を絶する奇跡が起きる！！