Durch den Reboot und dem Verlust ihrer Erinnerungen haben die Digimon auch die Bindung zu ihren Partnern verloren. Während die DigiRitter das Vertrauensverhältnis zu ihren Partnern langsam wieder aufbauen können, schlägt Biyomon jegliche Annäherungsversuche von Sora mit abweisendem Verhalten aus. Sora ist so frustriert, dass sie sich von den anderen abkapselt und noch nicht einmal Tai und Matt können ihr helfen. Unterdessen begegnen die Kinder Meikuumon, die als einzige ihre Erinnerungen behalten hat. Die DigiRitter beschließen, sie und Meiko wieder zusammenzubringen. Jedoch taucht mit Machinedramon ein übermächtiger Gegner auf. Im Kampfgetümmel werden die Kinder voneinander getrennt und zu allem Überfluss entpuppt sich auch noch ein alter Vertrauter als unberechenbarer Feind.

缅因猫兽发生暴走，然后在这种情况下进行了重启。 缅因猫兽的离开让芽心异常苦恼，太一他们则留下芽心重新来到了数码宝贝世界。 在这里，他们和数码宝贝重聚，但数码兽们已经失去了记忆。 尽管如此，他们将再次建立联系，太一他们向数码兽们伸出了友谊的双手，数码宝贝们也回应着。 然而只有比丘兽进化到了成长期，但是在成长期时却显露出了警惕心 「都说了我不记得以前的事啊！」 武之内空向来关心别人多与自己，比丘兽此时对她却反而产生了不信任感 受伤的空停下脚步，太一和大和都不知如何安慰她。 数码世界今后该怎么办呢？ 由此，大家进行了协商。这时，突然出现了缅因猫兽的身影，随后又消失了。它为什么会留着原来的记忆，一边流泪，一边寻找芽心。 看着缅因猫兽的身影，大家坚定了要环游数码宝贝世界，救它的决心。但是，在他们面前，那个带走缅因猫兽的黑暗家伙又出现了。 就在这个时候，现实世界得西岛收到了姬川失踪的报道。 他调查了姬川到现在为止所有行为的背后，确认了她背后还隐瞒了某个目的。 而这连接着决定两人命运的过去发生的事情…… 现在，冒险再一次进化。

在因「重啟」而被重新啟動的數碼世界，被選召的孩子們和搭檔數碼獸們重逢。然而，緬因貓獸仍保存有以往的記憶，為尋找芽心卻消失了。在尋找緬因貓獸的過程中，出現了一名身份不明的男子。男子揭露「重啟」是世界樹的意志，孩子們則被機械邪龍獸和鋼鐵海龍獸攻擊。產生共鳴的孩子們與數碼獸搭檔再次究極進化，擊退了機械邪龍獸。然而，芽心被不明男子襲擊，緬因貓獸因此產生恐懼，再次異變。

메이쿠몬의 폭주와 리부트. 타이치와 선택받은 아이들은 괴로워하는 메이코를 두고 디지털 월드로 향한다. 그러나 그 곳에서 다시 만난 짝꿍 디지몬들은 아이들을 기억해내지 못하고 선택받은 아이들은 다시 한 번 그들과 친해지려 노력한다. 그러나 자신보다 남을 먼저 생각하는 소라의 상냥한 성격을 보고 더 경계하는 피요몬에 상심하는 소라를 위로할 말을 찾지 못한 타이치(태일)와 야마토(매튜). 괴로워 하는 이들 앞에 갑자기 슬퍼하는 메이쿠몬이 나타난다. 어째선지 원래의 기억을 가지고 있는 메이쿠몬은 메이코를 찾기까지 하는데.. 그 모습을 보고 아이들은 메이쿠몬을 구하기 위해 디지털 세계를 여행할 것을 결심한다. 그리고 그들 앞에 어둠의 사천왕을 거느리는 그 남자가 모습을 나타낸다. 한편, 현실 세계의 니시지마는 히메카와의 실종소식을 듣게 되고 그 배후를 조사하다가 히메카와의 목적이 숨겨져 있음을 파악한다. 두 사람의 운명을 결정 지은 과거의 사건과 연관되어 있었는데… 지금, 다시 모험이 진화한다.

En arrivant dans le monde numérique après le « reboot », les DigiDestinés sont poursuivis par un nouveau méchant. Pendant ce temps, Sora est troublée par l'indifférence de son partenaire Digimon à son égard.

Upon arriving at the Digital World after the "reboot", the Digidestined are hunted by a new villain. Meanwhile, Sora is troubled by her partner Digimon's indifference towards her.

メイクーモンの暴走や、起きてしまったリブートに対して苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへ向かう。そこで再会したパートナーデジモンたちは過去の記憶を失っていたが、太一たち「選ばれし子どもたち」は、再び絆を築こうとデジモンたちと接していく。そんなある時、突然姿を現したメイクーモンが芽心を探していることを知った太一たちは、メイクーモンを救うためデジタルワールドを旅する決意を固めるが……

Após o reboot, o DigiEscolhidos devem tentar reconectar-se com o seu Digimon.