事隔多年，黑超特警J（韋史密夫 飾）和K（湯美李鍾斯 飾）「及時」回歸！可是…… 在MIB服務了十五年個年頭，J雖然見慣異形兼出開大場面，但面對身邊經常粒聲唔出、搞GAG都笑唔出的拍檔K，又愛又恨，友誼指標備受考驗。這回，當K的生命和地球的命運同時受到威脅之際，J決定回到過去，重新梳理一切前因後果，更與少年K (佐斯布連 飾) Team Up 又Power Up，合力拯救拍檔的未來、整個MIB組織和人類的生死存亡，認真唔輸得！而當J穿越時空回到那些年後才發現，原來，K隱瞞著他一個關係到全宇宙命運的驚人秘密……