在萨托无能为力的情况下，尅娜盖策划了一个计划。然而，在这一计划得以实现之前，它已经开始在接缝处裂开，AA金极端主义者行动起来，萨托可怕的真实形式变得众所周知。第二波“净化”开始，石丸、樱井、甲斐、李等要员按照暗杀名单的顺序相继殒命。面对恐怖分子的嚣张气焰，日本政府摆出了决不妥协的强硬姿态，势要和恐怖主义抗争到底。警察、对亚特选群、自卫队、美国国防总省以及亚人管理委员会工作人员户崎（樱井孝宏配音）和高中生亚人永井圭（宫野真守 配音）全部被卷入这一系列事件中。身为亚人的恐怖主义者佐藤（大冢芳忠配音）计划结束第二波“净化”后，马上展开第三波恐怖活动。圭仔细推敲着佐藤的策略，终于发现其中不易察觉的破绽。史上最强大最为凶恶的恐怖主义，他们真正的目标究竟是什么？在第二季最后一集的时候发现佐藤的头被ibm打下来了，但他没有失忆，他还记得永井圭，但说话的语气明显变了，所以我推测他是换了种人格，这也符合佐藤一直想砍下永井圭的头，后来和田中在被炸之前，佐藤叫田中的名字叫错了，所以可能头被打下来后，记忆遂会恢复但记忆会混乱，关于爆炸的事情，我猜佐藤一定是在身内藏了个微型炸药，记得佐藤卖了很多器官吗，我怀疑佐藤会遗留一个器官，以防自己头被打下来，然后通过炸药把全身炸成粉末，已最大肉块生成原来的人格。

　　在薩托無能為力的情況下，尅娜蓋策劃了一個計劃。然而，在這一計劃得以實現之前，它已經開始在接縫處裂開，AA金極端主義者行動起來，薩托可怕的真實形式變得眾所周知。第二波“淨化”開始，石丸、櫻井、甲斐、李等要員按照暗殺名單的順序相繼殞命。面對恐怖分子的囂張氣焰，日本政府擺出了決不妥協的強硬姿態，勢要和恐怖主義抗爭到底。警察、對亞特選群、自衛隊、美國國防總省以及亞人管理委員會工作人員戶崎和高中生亞人永井圭全部被捲入這一系列事件中。身為亞人的恐怖主義者佐藤計劃結束第二波“淨化”後，馬上展開第三波恐怖活動。圭仔細推敲著佐藤的策略，終於發現其中不易察覺的破綻。史上最強大最為凶惡的恐怖主義，他們真正的目標究竟是什麼？

For high schooler Kei—and for at least forty-six others—immortality comes as the nastiest surprise ever. Sadly for Kei, such a feat doesn't make him a superhero. In the eyes of both the general public and governments, he's a rare specimen who needs to be hunted down and handed over to scientists to be experimented on for life—a demi-human who must die a thousand deaths for the benefit of humanity.

Ajin Sato macht seine Drohung wahr: 15 Vertreter von Organisationen werden nach und nach von ihm ermordet, solange die Regierung nicht auf seine Forderungen eingeht. Derweil trainieren Kei und Ko, um sich sowohl physisch als auch mental zu stärken. Die wichtigste Aufgabe erwartet Kei: Er muss lernen den schwarzen Geist unter Kontrolle zu bringen. Gerade als Tosakis Plan, Sato aufzuhalten, in den letzten Vorbereitungen steckt, wird der Mitarbeiter des Ministeriums von Almeida und Myers entführt. Während für das Team um Kei nun Tosakis Rettung Vorrang hat, ist Sato mittlerweile bei der letzten Person auf seiner Liste angekommen: Der Präsident von Musashi Heavy Industries soll beim Vorstandstreffen sterben. Diesmal soll auch die illegale Anti-Ajin-Sondereinheit zum Einsatz kommen ...

Per il liceale Kei - e per almeno quarantasei altri - l'immortalità è la più brutta sorpresa di sempre. Purtroppo per Kei, un'impresa del genere non lo rende un supereroe. Agli occhi dell'opinione pubblica e dei governi, è un raro esemplare che ha bisogno di essere cacciato e consegnato agli scienziati per essere sperimentato per tutta la vita: un semiumano che deve morire di mille morti a beneficio dell'umanità.

佐藤が企てる計画の第2ウェーブ「浄化」によって要人が次々と殺されていき、計画は最終段階である「第3ウェーブ」に進もうとしていた。日本政府はテロリストには断固として屈しないという姿勢を貫き、水面下では警察や特殊部隊、そしてアメリカ国防省もそれぞれの動きをみせるなか、亜人の高校生・永井圭も佐藤を無力化させるための策を練るが……。

사토를 막기 위하여 토사키와 손을 잡은 나가이 케이. 사토가 후생대신을 살해하러 나서는 순간을 노려 사토를 붙잡겠다는 게 이들의 계획이었지만, 예기치 못한 돌발사태로 인해 그 계획은 수포로 돌아간다. 한편 점점 폭주해가는 사토는 무슨 생각인지 도저히 가늠하기 어려울 지경이었다.

Para o colegial Kei - e para pelo menos 46 outras pessoas - a imortalidade é a surpresa mais desagradável de todas. Infelizmente para Kei, tal feito não o torna um super-herói. Aos olhos do público em geral e dos governos, ele é um espécime raro que precisa ser caçado e entregue aos cientistas para fazer experiências para a vida - um semi-humano que deve morrer mil mortes para o benefício da humanidade.