Fa 15 anys, el vaixell de càrrega "Yashiromaru" es va enfonsar al nord de l'Oceà Atlàntic després de xocar contra un iceberg. Ara en Conan, Ran, Sonoko, Kogoro, Agasa i els nens són convidats en un creuer per l'oceà Pacífic. Tot va bé fins que una sèrie d'assassinats i una explosió, provocada pel mateix assassí, obliguen a evacuar-los del vaixell amb els bots salvavides. Però en Conan quan esta a punt de pujar té una estranya sensació, la Ran ha desaparegut i es troba en algun racó de l'immens vaixell.