本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经被牙王劫持…… 众人被逼留在过去，最坏的情况是良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃泰诺斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的良太郎（剧中用“小太郎”代替）和异魔神齐格，并且在樱井的帮助下，开始了追踪Den-Liner之旅。另一方面，回到江户时代的牙王成功夺得神之列车Gao-Liner，且抓住了追踪到来的良太郎，并坐着Gao-Liner回到1988年12月26日。在1988年，良太郎恢复了记忆，但被牙王阻挠而不能变身。正当此时，樱井带同救兵出现，救兵则是三个不同时间的良太郎。于是，四个不同形态的电王同时出现，最Climax的战斗即将展开……

本劇場版緊接TV版第27話。在27話良太郎一行人為了追蹤異魔神而回到過去，但他們卻不知道自己已經落入了牙王的圈套。當良太郎等人消滅完異魔神並想回到Den-Liner的時侯，卻發現Den-Liner已經被牙王劫持……眾人被逼留在過去，最壞的情況是良太郎失去了成為電王的所有記憶，桃泰諾斯也因此不能附上良太郎的身體。在機緣巧合下，良太郎遇到10歲時的良太郎（劇中用“小太郎”代替）和異魔神齊格，並且在櫻井的幫助下，開始了追蹤Den-Liner之旅。另一方面，回到江戶時代的牙王成功奪得神之列車Gao-Liner，且抓住了追蹤到來的良太郎，並坐着Gao-Liner回到1988年12月26日。在1988年，良太郎恢復了記憶，但被牙王阻撓而不能變身。正當此時，櫻井帶同救兵出現，救兵則是三個不同時間的良太郎。於是，四個不同形態的電王同時出現，最Climax的戰鬥即將展開……

本劇場版緊接TV版第27話。在27話良太郎一行人為了追蹤異魔神而回到過去，但他們卻不知道自己已經落入了牙王的圈套。當良太郎等人消滅完異魔神並想回到Den-Liner的時候，卻發現Den-Liner已經被牙王劫持。所以眾人被逼留在過去，最壞的情況是良太郎失去了成為電王的所有記憶，桃塔羅斯也因此不能附上良太郎的身體。在機緣巧合下，良太郎遇到10歲時的良太郎（劇中用「小太郎」代替）和異魔神齊格，並且在櫻井的幫助下，開始了追蹤Den-Liner之旅。而回到江戶時代的牙王成功奪得神之列車Gao-Liner，且抓住了追蹤到來的良太郎，並坐着Gao-Liner回到1988年12月26日。在1988年，良太郎恢復了記憶，但被牙王阻撓而不能變身。正當此時，櫻井侑斗帶同救兵出現，救兵則是三個不同時間的良太郎。於是，四個不同形態的電王同時出現，最Climax的戰鬥即將展開……

With Gaoh having stolen the DenLiner and trapping the Imagins onboard, Ryotaro and Hana find themselves trapped in the year 2000 where they meet Ryotaro’s younger self, but Ryotaro is slowly forgetting everything having to do with Den-O! As Gaoh gets closer to his target, the only hope lies with Yuuto’s complex plans and a little bit of luck, or else time itself could fall victim to Gaoh’s evil desires!

宝石泥棒に憑依したイマジンを追って、過去の世界に向かった良太郎たち。しかし、それはデンライナーを奪うために仕組まれた罠だった。首謀者は時の列車ばかりを狙う強盗集団の首領・牙王。彼は“神の路線”を走り、全ての時間を支配できるという神の列車を手に入れるため、オーナー達を人質にデンライナーを過去へ走らせる。 残された良太郎とハナにデンライナーから脱出したモモタロスが合流するが良太郎はデンライナーを追っている最中に牙王に蹴られた後遺症で電王に関わる記憶が欠落していた。そこで11歳の良太郎（劇中で小太郎と命名される）やジークとも遭遇。小太郎は時間を超える列車に乗ってみたいと彼らに同行を申し出る。一行は桜井侑斗の助けを借り、ゼロライナーでその後を追った。様々な時代を通り抜け、良太郎たちがデンライナーを発見したのは江戸時代初期の『大坂の役』の頃。そこで牙王は神の路線へ繋がる最後の封印を解こうとしていた。

보석 도둑에게 빙의한 이매진을 쫓다가 과거의 세계로 날아가버린 료타로 일행. 하지만 그것은 덴라이너를 뺏기위해 파놓은 함정이었다. 주모자는 시간의 열차만을 노리는 강도 집단의 수장 가오. 그는 "신의 노선"을 달리며 모든 시간을 지배할 수 있는 '신의 열차'를 손에 넣기 위해 오더들을 인질로 덴라이너를 과거로 향하게 한다.

남겨진 료타로와 하나에게 덴라이너로부터 탈출한 모모타로스가 합류하지만 료타로는 가오의 발길질에 당한 충격으로 덴오에 관한 기억을 잃어버린 상태. 이때 11살의 료타로가 지크와 함께 나타난다. 작은 료타로는 시간을 뛰어넘는 열차에 타고 싶다는 이유로 료타로들과 행동을 함께하기로 한다. 사쿠라이 유토의 도움을 받아 제로라이너로 가오의 뒤를 쫓는 일행. 여러 시대를 뛰어넘어, 료타로 일행이 덴라이너를 발견한 것은 에도시대 초기의 '오사카의 난' 시기. 그곳에서 가오는 신의 노선에 가기위한 최후의 봉인을 풀려고 하고 있었다.

El DenLiner ha sido robado por unos imagins y su líder, Gaou, quien pretende encontrar la Linea de Dios para poder controlar el tiempo y para ello necesitará del Tren de Dios. Ryoutarou y Hana no llegan a abordar el DenLiner, y luego en la tienda de Airi se encuentran con un joven Roytarou. Cuando Momotaros escapa del tren secuestrado intenta poseer al Ryoutarou grande, pero termina poseyendo al pequeño. En ese momento Yuto aparece y les dice que es debido a que el joven ha perdido la memoria con respecto a Momotaros y compañía. Ahora todos deberán perseguir a Gaou para quitarle el DenLiner y derrotarlo antes de que cumpla con su malévolo plan.

*Ubicada entre los episodios 27 y 28