1999年，坠落地球的巨大陨石夺去了整个海洋。与此同时，地球外生物WORM亦开始在世界各地繁殖。为了对抗在一瞬间支配了广泛地区的WORM，人类成立了对WORM组织ZECT。ZECT开发出幪面超人系统，投入战场与WORM展开激战，时间就在这场战争中渡过了七年。

2006年，在这个沙漠化的地球上，部分ZECT的成员因为不满组织的束缚而结成独立团体NEO ZECT，而ZECT亦开始对这群背叛者进行肃清。就在这时，天道总司，即是假面骑士KABUTO的出现，令战局产生极大变化。

ZECT总部得到一颗巨型冰块彗星正在接近地球，于是提出'天空之梯子计划'，于大气层的太空站设置巨型CLOCK UP机器，制造转移空间把彗星拉往地球，制造出莫大的水源。透过这个计划，ZECT的权力就会越趋庞大，足以支配地球。

ZECT利用连接地球和宇宙的轨道电梯发动'天空之梯子计划'，而从天道手上得知这项情报的NEO ZECT，亦决定抢夺这个计划，压抑ZECT继续增大权力。

为了组织而战的ZECT战士大和铁骑与矢车想;

为了自由而战的NEO ZECT战士织田秀成和风间大介;

为了最爱的日和而战的加贺美新，还有目的完全不明的天道总司;

以及身份神秘的黄金假面骑士。

在各人思想交错的漩涡中，假面骑士的战斗已延伸到浩瀚宇宙…

電影版角色和故事背景與電視版有不同之處，官方解釋是因為時間旅行形成的平行宇宙的緣故。但也有另一種說法，是說電影版的劇情是接在電視版的前面，也就是所謂的「前傳」。這種說法指出電影版中的天道（Kabuto）藉由時間旅行回到過去改變了歷史，使原本因為隕石而受損嚴重的地球變成只有日本受到局部損壞（因爆破了原本的巨大隕石），但之後未來的天道把腰帶交給過去年幼的自己後，因為歷史改變而消失，解釋了天道一開始就得到腰帶的原因，形成了「近似」電視版的故事背景。 在電影版中，原本在電視版中只有使東京部分地區毀壞的隕石，因為完整無缺的墜落在海洋中，造成海水蒸發，大片海洋消失，氣候異常，人類生存受到威脅。更有甚者，隕石中夾帶的大量的外星生物WORM侵略人類世界，帶來破壞和恐慌。人類組成ZECT這個特別武力組織，並且開發出假面騎士系統，來對抗WORM。而ZECT更因為具有唯一能對抗WORM的武力，隱然成為人類世界的統治者。 有些ZECT的成員因不滿ZECT的做法，脫離另成立NEO-ZECT，與ZECT對抗。在一次ZECT和NEO-ZECT的對抗中，一個神秘男子天道總司出現在打鬥現場，同樣有變身成為假面騎士的能力，卻不屬於任何一個組織，讓雙方都感到驚訝和困惑。然而，一個可怕的陰謀，正在此時悄悄地進行。

In 1999 stortte een enorme meteoor op de aarde neer met daarin buitenaardse wezens, bekend als Worms. Deze wezens namen de identiteit van echte mensen aan en doodden ze vervolgens. Om deze nieuwe dreiging het hoofd te bieden, werd ZECT gevormd, die op zijn beurt het Masked Rider System creëerde om de wormen te bestrijden. De gevechten duren meer dan zeven jaar, waardoor de hulpbronnen van de aarde uitgeput raken en de aarde in een dorre woestenij verandert. Tegenwoordig heeft de machtsstrijd in ZECT ervoor gezorgd dat er een nieuwe groep is ontstaan, bekend als Neo-ZECT. Souji Tendou, een man die de Kabuto Zector hanteert, besluit om onbekende redenen zijn macht aan ZECT of Neo-Zect te verkopen.

In 1999, an enormous meteor crashed onto Earth carrying extraterrestrial creatures known as Worms within it. These creatures took on the identities of real humans and then killed them. In order to counter this new threat, ZECT was formed, who in turn created the Masked Rider System to combat the Worms. The battles lasts over seven years, depleting Earth's resources and turning it into a barren wasteland. By present time, power struggles in ZECT have caused a new group, known as Neo-ZECT, to be created. Souji Tendou, a man weilding the Kabuto Zector, decides to sell his power to either ZECT or Neo-Zect for unkown reasons.

e film montre une chronologie alternative où les relations étroites entre les cavaliers n'existaient pas et l'impact du premier météore a évaporé tous les océans de la Terre. Sept ans après que le météore a frappé la Terre, ZECT fait semblant d'utiliser une comète qui passe pour recharger les océans de la Terre, alors qu'en réalité ils tirent un autre météore pour s'écraser sur Terre, un assez grand pour anéantir toute l'humanité.

1999年、地球に衝突した巨大隕石は海の大半を蒸発させ、同時に地球外生命体・ワームが隕石から出現、瞬く間に広範囲を支配した。人類は対ワーム組織・ZECTを設立。マスクドライダーシステムを開発し、戦場に投入した。 それから7年後の2006年。深刻な水不足に陥った地上でワームとライダーの戦いが続く中、ZECTに反旗を翻す一部メンバーが新組織・NEO ZECTを結成。ZECTはNEO ZECTの粛清に乗り出す。ZECTのライダー大和鉄騎＝ケタロス、矢車想＝ザビー率いる部隊に追いつめられるNEO ZECTの織田秀成＝ヘラクス、風間大介＝ドレイク、北斗修羅。そこへ天道総司＝カブトが乱入し、戦況は新たなる段階を迎える。 折しもZECTでは、巨大彗星が地球に接近する情報を掴んでいた。この彗星を引き寄せれば、地球に莫大な水を獲得でき、ZECTは益々権力を強めることができるのだ。ZECTは「天空の梯子」と呼ばれる軌道エレベータを用いて、「天空の梯子計画」を発令。天道よりこの情報を得たNEO ZECTも、ZECTの支配力増加を抑えるべく、計画の乗っ取りを画策する。

마지막엔 텐도 소우지가 하이퍼 카부토의 하이퍼 클락 업으로 제2의 거대 운석과 함께 7년 전의 과거로 돌아가, 제1의 거대 운석과 충돌시켜 거대 운석을 분쇄하여 지구의 피해를 줄이고, 그 영향으로 자신의 존재가 사라지기 직전에 과거의 자신에게 찾아가 카부토 젝터를 넘겨준다.

En 1999, un enorme meteorito se estrelló contra la Tierra y causó una calamidad global que agotó las aguas del planeta. Además, el meteorito transportaba criaturas extraterrestres conocidas como los Gusanos que procedieron a matar humanos y asumir sus identidades. Para contrarrestar esta nueva amenaza, se formó ZECT, que a su vez creó el Sistema de Kamen Rider para combatir a los gusanos. Las batallas duran más de siete años, agotando los recursos de la Tierra y convirtiéndolo en un páramo árido. En la actualidad, las luchas de poder en ZECT han provocado que Hidenori Oda establezca un grupo disidente llamado Neo-ZECT con Daisuke Kazama y Shura Hokuto para luchar contra la autoridad de ZECT. Un misterioso joven llamado Souji Tendou llega a la ciudad y decide vender su poder a Neo-ZECT o ZECT para su propia agenda personal.