Vodca Rakeťákov, Giovanni, konečne dopátral. V odľahlej oblasti regióne Johto našiel Mewtwoa, ktorého sa okamžite snaží odchytiť. Ash a jeho priatelia sú unesení Dominou, novou členkou Rakeťákov, a zároveň sa snažia zachrániť Pikachua, ktorého zase majú Jessie a James. Klonovia Pokémonov sú tiež odchytený, a tak sa stávajú návnadou pre Mewtwoa. Nastáva bitka medzi Mewtwo a Giovannim. Ako toto len môže dopadnúť?