在神秘的嬰兒島的洞穴裏，神獸摩斯拉產下一枚卵，象徵新的生命即將誕生。 建設公司為了開發環境而砍伐森林，無意間挖到了不知名的遺跡，負責人取走了金屬徽章，打算帶回家做成項鍊送給女兒。 貝魯貝拉因而追到家中，把負責人妻子真紀子綑綁並控制女兒若葉，與莫兒和大樹等人激戰後把家裏弄得一團亂。 看到新聞報導的畫面便前往現場，解除帝斯基多拉的封印。 貝魯貝拉控制後藤炸毀封印後使帝斯基多拉重見天日， 小美人莫兒與蘿拉無奈之下召喚剛生產完身體還很虛弱的摩斯拉前來阻止怪獸的破壞， 同時卵中的幼蟲似乎感應到母親的危機，隨即破殼而出前往現場。 親摩斯拉壽命將盡，子摩斯拉甫出生便重傷連連，一番激戰後，親摩斯拉誘導帝斯基多拉打破水壩， 然後親摩斯拉趁此機會帶着子摩斯拉得以趁亂脫離戰場，親子在海上一陣交談後，親摩斯拉生命也走到了盡頭。 帝斯基多拉吸收大自然的生命力後長出雙翼，持續破壞環境。 子摩斯拉前往充滿神木的小島進化成為新生摩斯拉後，回到日本與帝斯基多拉決戰。 激戰後成功將邪獸重新封印，且從萬年神木得到新的力量，將毀壞的大地恢復原狀。