Bei Waldrodungsarbeiten auf einer japanischen Insel wird das Siegel der Elias unvorsichtigerweise von seinem angestammten Platz entfernt. Die böse Fee Belvera bringt es in ihren Besitz und lässt mit seiner Hilfe den dreiköpfigen Monsterdrachen Desighidora auf die Menschheit los. Die beiden guten Feen Lora und Moll rufen die alternde Riesenmotte Mothra zu Hilfe, die sich Desighidora jedoch kaum gewachsen zeigt. Glücklicherweise hat sie jedoch kurz zuvor für Nachkommenschaft gesorgt. (Video.de)

Японские шахтёры случайно вызволяют из подземного плена огромного трёхголового монстра Десгидору, ранее уже успевшего уничтожить марсианскую цивилизацию. На битву с Десгидорой выдвигается извечная защитница Японии — гигантская бабочка Мотра.

Diminutos hermanos gemelos usan una mariposa negra para enfrentar a su malvada hermana y una bestia.

A new Mothra takes to the air and battles against Desghidorah to save all of humanity.

森林伐採の現場監督の後藤裕一は森の中で古代遺跡を発見し埋め込まれていたメダルを外す。その遺跡は妖精のエリアス族のもので、昔、地球を滅ぼそうとした宇宙怪獣デスギドラを閉じ込めた封印だった。そうとは知らない裕一はそれを持ちかえり、娘・若葉にペンダントとして与えた。エリアス族末裔の小人姉妹に「エリアスの盾と封印の意味」を知らされた後藤一家は姉妹と共に紋別へ行くが、そこには巨大な岩隗が出現していた。大樹の協力でエリアスの盾を奪還した姉妹だが、ついに岩隗からデスギドラが復活してしまう。

丰国商事在北海道纹别地区一直进行着森林采伐，作为现场监督人员的后藤裕一无意中发现了隐藏在这片森林之 中的古代遗迹并将埋藏在这片遗迹中的一枚盾牌拿了回去。

在神秘的嬰兒島的洞穴裏，神獸摩斯拉產下一枚卵，象徵新的生命即將誕生。 建設公司為了開發環境而砍伐森林，無意間挖到了不知名的遺跡，負責人取走了金屬徽章，打算帶回家做成項鍊送給女兒。 貝魯貝拉因而追到家中，把負責人妻子真紀子綑綁並控制女兒若葉，與莫兒和大樹等人激戰後把家裏弄得一團亂。 看到新聞報導的畫面便前往現場，解除帝斯基多拉的封印。 貝魯貝拉控制後藤炸毀封印後使帝斯基多拉重見天日， 小美人莫兒與蘿拉無奈之下召喚剛生產完身體還很虛弱的摩斯拉前來阻止怪獸的破壞， 同時卵中的幼蟲似乎感應到母親的危機，隨即破殼而出前往現場。 親摩斯拉壽命將盡，子摩斯拉甫出生便重傷連連，一番激戰後，親摩斯拉誘導帝斯基多拉打破水壩， 然後親摩斯拉趁此機會帶着子摩斯拉得以趁亂脫離戰場，親子在海上一陣交談後，親摩斯拉生命也走到了盡頭。 帝斯基多拉吸收大自然的生命力後長出雙翼，持續破壞環境。 子摩斯拉前往充滿神木的小島進化成為新生摩斯拉後，回到日本與帝斯基多拉決戰。 激戰後成功將邪獸重新封印，且從萬年神木得到新的力量，將毀壞的大地恢復原狀。

Durante uma escavação, funcionários de uma mineradora acham um simbolo estranho entre as rochas. Um selo magico que guarda ali, uma grande criatura que há muitos anos aterrorizou a terra, chamada Desghidorah. A quebra do selo liberta o monstro que mais uma vez, causa destruição e pânico. É chegada a hora de mais uma vez, Mothra, surgir para defender o planeta. Mas, Mothra se encontra em estado crítico, pois ela está muito velha e gastou energia para gerar um ovo. Tem inicio uma batalha entre gigantes monstros, onde o resultado decidirá o futuro do planeta.

Un nouveau Mothra prend son envol et doit combattre Death Ghidora pour sauver l'humanité.

홋카이도 몬베츠의 공사 현장에서 거대한 화석이 발견되었다. 현장 감독인 고토 유이치는 화석에 붙어 있던 문장을 딸 와카바의 기념품으로 가져갔다. 그러나 그것은 옛날에 요정 엘리아스 일행이 우주 괴수 데스기도라를 봉인해 둔 것이었다. 봉인이 풀렸다는 것을 알게 된 인판트섬의 몰과 로라는 데스기도라의 부활을 막기 위해 일본으로 향했다. 한편, 그들의 언니이자 마녀인 벨베라 또한 데스기도라를 자신의 부하로 만들기 위해 졸개 갈갈을 대동하고 일본을 향했다. 와카바가 문장을 갖고 있다는 것을 알게 된 몰 등은 여동생 와카바와 어머니 마키코를 지키기 위해 큰 나무의 용기와 지혜를 빌리며 노력했지만, 벌써 와 있던 벨베라와의 전투에서 패배했다. 공사 현장으로 향한 벨베라를 뒤쫓아 요정들은 고토 가족과 함께 홋카이도로 날아갔다. 하지만 이미 늦었고, 벨베라에 의해 데스기도라가 부활했던 것이다. 데스기도라를 물리칠 수 있는 건 수호신 모스라밖에 없다고 생각한 몰과 로라는 인판트섬에서 모스라를 불러왔다. 그러나 갓 알을 낳은 모스라는 거친 데스기도라 앞에서 큰 고생을 했다. 그때 몰과 로라는 멀리 떨어진 인판트섬에서 알이 부화하는 것을 느꼈다. 갓 태어난 모스라 유충이 어미 모스라를 도우려 바다를 건너오고 있었던 것이다. 일본에 도착한 모스라 유충은 어미의 위기를 구하기 위해 과감히 데스기도라를 향해갔다. 하지만 아직 성장하지 않은 유충은 데스기도라의 상대가 되지 못했다. 유충을 감쌌던 어미 모스라는 목숨을 잃었다. 유충 모스라는 야쿠시마에서 번데기를 틀고 성체로 성장했다. 데스기도라 또한 성장하여 두 마리는 더욱 격렬한 전투를 벌였지만, 모스라의 힘을 믿는 몰과 로라, 그리고 지구의 평화를 바라는 고토 가족의 기도가 통해 모스라는 데스기도라를 물리칠 수 있었다. 벨베라로부터 문장을 되찾은 몰과 로라는 다시 땅속 깊이 데스기도라를 봉인했다. 모스라는 전투로 폐허가 된 대지에 생기를 되살리고, 몰과 로라와 함께 인판트섬으로 돌아갔다.