異国と航海にあこがれるジム少年は、今夜も港町の古びた旅館・ベンボー亭のお留守番。ところが怪しげな猫船長がやって来て、不思議な地図を残してゆく。どうやらそれは、有名な海賊・フリント船長の隠した宝のありかを示す地図らしい。ジムは親友であるネズミのグランと共に、自作の樽船・パイオニア号で海に出る。目指すは地図にある伝説の宝島だ！　ところが、パイオニア号は海賊船に撃沈され、二人はあえなく捕虜になってしまう。海賊船の名はポークソテー号。船長のシルバーはかつてフリントの部下だった男で、彼もまた宝島の財宝を虎視眈々と狙っていた。ジムとグランは脱走して海賊島に上陸。しかしシルバー一味に追いつかれ、地図を奪われた挙げ句、奴隷商人に売り飛ばされてしまう。監禁された石の牢屋には、キャシーという女の子の先客がいた。何とこのキャシー、フリント船長の孫娘で、例の地図を探しているらしい。ジムとキャシーは互いに反発し合いながらも、やがて心を通わせ、協力して宝島を目指すことになる。今、海を渡る大冒険の幕が上がる！