Atjautīgais un labsirdīgais zēns vārdā Kubo dzīvo nelielā piejūras pilsētā, un viņam patīk stāstīt citiem dažādus stāstus un spēlēt uz japāņu mūzikas instrumenta - sjamisena. Kādu dienu viņš nejauši atbrīvo pagātnes garu, kurš senas atriebības dzīts, sāk vajāt zēnu. Kubo dodas ceļā, lai rastu padomu, kā uzveikt ļaunumu. Viņš sastop Pērtiķieni un Vaboli, un nu visus trīs gaida neparasts piedzīvojums. Viņu uzdevums ir izglābt Kubo ģimeni un atklāt senu noslēpumu – kādēļ gāja bojā viņa tēvs, pasaulē dižākais samurajs. Ar maģiskā mūzikas instrumenta sjamisena palīdzību Kubo stāsies pretī naidniekiem, lai atklātu dzimtas noslēpumu, atkal apvienotu ģimeni un piepildītu savu likteni.