ある囚人の脱獄を画策したハッカー楠木の焼死体が見つかり、彼を殺したとして警視庁科学特捜班リーダーである赤城が逮捕。それを受けて特捜班は解散するも、拘置所から脱走した赤城を追うために百合根をはじめとするメンバーが集められる。赤城は無罪だと信じて捜査にあたる百合根は、事件とフギンというコンピューターウイルスの関連に着目。同ウイルスについて知る女・堂島菜緒美のもとへと向かうが、彼女は何者かにさらわれてしまう。