某天才黑客一手策划了囚犯越狱事件，谁知幕后操纵者镝木彻(中山裕介饰)竟死于非命，尸体更被烧的焦黑。令人难以置信的是，科学搜查班(ST)的实际领导者赤城左门(藤原龙也饰)作为嫌疑人遭到逮捕。审讯过程中，赤城坦然认罪，他指控镝木犯下了不可饶恕的罪行才引来如此杀身之祸。然而罪行的本身是什么？赤城与死者又有怎样的恩怨？这一切始终无法明了。失去了领导者的科学搜查班，此刻面临解散的命运。未过多久，赤城从拘留所中逃脱。警方为了抓住他重新召集了青山翔(志田未来饰)、结城翠(芦名星 饰)、黑崎勇治(漥田正孝 饰)、山吹才藏(三宅弘城饰)等人。怪胎云集的ST班在极其关键的时刻讽刺般地重组，赤城曾经一手率领的最强团队而今变成了最大的敌人。 　　短暂而又漫长的两天后，百合根友久(冈田将生饰)作为ST的负责人参与到调查中来，不过他自始至终相信赤城是被冤枉的。经过缜密和耐心地调查，百合根终于根据电脑病毒的线索查到了神秘美女堂岛菜绪美(安达佑实饰)，可是早有人捷足先登将菜绪美劫持。百合根被迫与菜绪美的女儿小椿(铃木梨央 饰)联手，持续追查赤城的下落。 　　在毫无征兆的一天，赤城再度现身，并被警方团团包围。全速奔走的百合根等人能否窥见赤城最真实的一面？而一切迷团背后的真相何时能浮出水面？

　　國際大都會日本東京，光天化日之下發生了性質極其惡劣的搶劫案。某個十字路口發生詭異的交通事故，科學搜查班（ST）的各位順藤摸瓜查清了事故的始作俑者——天才黑客鏑木徹 。但是ST的領導者赤城左門 面對眾人對鏑木的指控閃爍其詞，他支開百合根友久 ，獨自前往鏑木的住所。未久，鏑木葬身火海，而赤城作為重要嫌疑人被同僚拘捕。青山翔 、結城翠 、黑崎勇治 、山吹才藏 等手下自然不會相信赤城的認罪供詞，他們想方設法要查清真相，而百合根更為此故意犯罪進入拘留所，試圖近距離聽取赤城的心聲。而就在關鍵時刻，赤城越獄逃亡……

The ST team at the Tokyo Metropolitan Police Department consists of eccentric members. Some members do not cooperate with others and others do not reveal themselves in front of others. With Samon as the leader of the ST team and young Inspector Tomohisa tasked with managing the team, the ST (Scientific Task Force) attempt to solve the most difficult of cases.

ある囚人の脱獄を画策したハッカー楠木の焼死体が見つかり、彼を殺したとして警視庁科学特捜班リーダーである赤城が逮捕。それを受けて特捜班は解散するも、拘置所から脱走した赤城を追うために百合根をはじめとするメンバーが集められる。赤城は無罪だと信じて捜査にあたる百合根は、事件とフギンというコンピューターウイルスの関連に着目。同ウイルスについて知る女・堂島菜緒美のもとへと向かうが、彼女は何者かにさらわれてしまう。

ST 수사본부의 아카기는 어느날 사이버테러 사건의 수사를 맞게되고 그 과정에서 누명이 씌어져 구속되게된다. 아카기가 없는 ST팀은 앙꼬없는 찐빵처럼 수사가 진행되지 않자 ST팀원들은 아카기를 구출하고 사건을 해결하기 위해 힘을쓴다. 그러던 중 사이버 테러를 하던 범인은 직접 무도회장에 출연하여 사람들을 무차별적으로 살인을 하며 협박해오는데... 범인은 목적은 무엇이고 억울한 아카기는 과연 누명을 벗고 무사히 감옥에서 탈출해 나올 수 있을 것인가?