謎の天球で行方不明になっていたジャンボットと再会を果たすエメラナ姫。だが、ジャンボットはそのエメラナ姫に刃を向ける。一方のゼロたちもジャンキラーの猛攻に阻まれ、

身動きが取れずにいた。傷ついたリトラをかばい、ジャンボットが振りかざしたバトルアックスの前に立ちはだかるエメラナ姫。

「やめなさい」、姫の声に動きを止めるジャンボット。そして、それに倣うかのように何故かジャンキラーの動きまでもが一瞬停止するが、即座に機能を回復させて何処かへと飛び

去ってゆく。エメラナ姫の導きによりジャンボット内部に潜入したレイとヒュウガはそこでロボットたちを操る謎の天球ガーディアン、“ビートスター”の存在と、ジャンキラーが

ジャンボットのデータをベースにビートスターが作り上げたロボットである事を知る。ビートスターは何故、ロボットたちによる有機生命体の抹殺を企てているのか？

刻一刻と惑星ブラムへと迫る天球。惑星衝突の危機迫る中、 ウルティメイトフォースゼロの前に再びジャンキラーが出現！容赦ない攻撃の前に、ついにエメラナ姫は…。