Un barco desconocido con bomba que flota sobre el mar en el amanecer. Todo empezó con ese barco... En un puerto de Kyoto. Gracias a las Fuerzas Autodefensas se inauguró una visita a la nave Aegis. Conan, Ran, Kogoro y la Liga Juvenil disfrutan del crucero lleno de la última tecnología desarrollada. Sin embargo, suenan las alarmas y se vive una atmósfera extraña dentro de la nave. ¡No pasa mucho tiempo hasta que se encuentra un cadáver sin brazo izquierdo! ¡Y el cadáver se trata de uno de los oficiales de la marina! Hay una serie de puntos extraños. Conan, quien empieza con la investigación, descubre que está abordó el espía "X". ¿Quién es el espía "X"? ¿Cuál es su relación con el barco? La sombra del espía que se acerca hacia Conan y los demás... ¡Dentro de esta nave se esconde un gran secreto que supera la imaginación y hará temblar a todo Japón!