両親の都合で一人、親戚が経営する旅館で過ごすことになった小学5年生の少年恭平は、玻璃ヶ浦へ向かう電車の中で湯川に出会う。湯川は海底鉱物資源開発の説明会にアドバイザーとして出席するために玻璃ヶ浦へ来ており、恭平の親戚の旅館に宿泊する。そんな中、同じ旅館に泊まっていた客の塚原正次がその夜中に姿を消し、翌朝海辺で変死体となって発見される。県警は現場検証を行い、堤防から誤って転落した事故死の線が濃厚であるとしていた。 同じころ、草薙は上司である多々良管理官から直々に特命の捜査を依頼される。被害者の塚原は元警視庁捜査一課所属の刑事で、恩になったことがある先輩の死に疑問を抱く多々良は、同じ旅館に湯川が泊まっていることを知り、草薙を連絡係にして独自の捜査を命じたのだった。草薙は内海とともに、湯川とコンタクトを取りながら捜査を行う。捜査を進めるうち、塚原は殺害された後に、海に遺棄された可能性が高くなっていった。 はたして塚原は、何のために玻璃ヶ浦に来たのか。事件に遭遇した湯川は「ある人物の人生が捻じ曲げられる」ことを防ぐために、真相に挑んでいく。鍵を握るのは、16年前に塚原が担当した元ホステス殺人事件。そして、その裏には旅館の家族が隠さなければならなかったある重大な秘密があった。