西元2019年「閱讀」已不再是人類的自由權利。日本政府成立「媒體良化組織」，強立法令對書籍實施管制、銷毀，彷彿現代文字獄。而為了保障人類閱讀自由，「圖書館」挺身而出，更編制了武裝組織「圖書隊」抵禦良化組織的攻擊，衝突日漸激烈。 圖書隊新入隊員笠原郁（榮倉奈奈 飾）高中時曾被一名圖書隊軍官拯救，因憧憬而立志加入圖書隊找出她的王子大人，但她的王子卻被魔鬼教官堂上篤（岡田准一 飾）怒斥為「最失職的圖書隊員」，因此兩人超級不合。但在朝夕相處後，郁漸漸對堂上改觀，更發現了堂上其實與她憧憬的對象有所關聯。 此時，收藏著媒體良化組織許多不利資料的小田原資訊歷史博物館，宣布將把資料捐贈給關東圖書館，預料媒體良化組織會不擇一切手段搶奪，特殊部隊決定進行武裝行動，堂上卻突然將郁調離前線，改擔任基地司令護衛，此舉卻造成郁的強烈不滿。到了資料移轉當日，前線爆發激烈戰鬥，激戰之間堂上卻收到消息：司令與郁被綁架，下落不明！史上最大的圖書館戰爭，一觸即發！