宇宙世紀0087年，由於地球聯邦軍的菁英部隊「迪坦斯」與反地球聯邦政府組織「幽谷」的對立，宇宙再度陷入混戰時期。住在殖民衛星「綠色諾亞」的高中生卡密兒‧維丹，由於對軍人感到不滿憤而搶奪新型MS「鋼彈Mk-II」，轉而投靠「幽谷」。為此感到羞怒的迪坦斯隨即展開追擊，並強行採取脅持卡密兒的母親為人質的卑劣戰略，最後卡密兒只能眼睜睜看著自己的父母連續遭到殺害，然而時代轉變之激烈，讓他完全沒有空閒沉浸於失去父母的感傷中。幽谷計劃在聯邦軍本部的南美賈布羅進行空降作戰，而卡密兒也以駕駛的身分受徵召，在經過大氣層突破的考驗之後，卡密兒也漸漸地發揮出他天生的力量。卡密兒在偶然的機會中得知，克瓦特羅‧維吉納上尉就是過去被稱為「紅色彗星」的夏亞本人，因此也改變了自己對他的印象。另一方面，被軟禁於地球的「一年戰爭英雄」阿姆羅雷，此時也感受到時代的變化而打算復出。這股全新時代的變化，今後將成為連結夏亞、卡密兒、阿姆羅三人之關鍵……