ภาพยนตร์ดำเนินเรื่องในช่วงเวลาสามปีหลังเริ่มสงครามโคลน เหล่าอัศวินเจไดต่างถูกมอบหมายให้นำกองทัพโคลนไปรบกับสมาพันธ์แบ่งแยกดินแดนทั่วกาแลกซี อาจารย์เจไดโอบีวัน เคโนบี ได้รับมอบหมายให้ไปสังหารนายพลกรีวัสผู้นำของสมาพันธ์แบ่งแยกฯ ส่วนอัศวินเจไดอนาคิน สกายวอล์คเกอร์ เริ่มมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับสมุหนายกพัลพาทีนแห่งสาธารณรัฐกาแลกติก ซึ่งตัวตนที่แท้จริงที่ไม่มีใครล่วงรู้คือเป็นซิธลอร์ด จ้าวแห่งซิธ ความสัมพันธ์นี้จะกลายเป็นภัยใหญ่หลวงต่อนิกายเจได สาธารณรัฐ ตัวอนาคินเอง ซึ่งในที่สุดจะพลาดพลั้งเข้าสู่ด้านมืดของพลัง กลายเป็นดาร์ธ เวเดอร์ และเปลี่ยนชะตาของกาแลกซีไปตลอดกาล