勇、卡爾德和謬是從小在伊甸行星一起長大的老朋友。勇與卡爾德以航空事業為職志，謬則希望成為歌手。然而，當三人在高中畢業時，因為一次不預期的意外，使得三人就此各分東西。而謬也為此放棄了成為歌手的理想，成為一個現實的商人。 2040年，地球統合軍為了替換VF-11展開了一項名為「超新星」的計畫，開發新一代的可變型戰鬥機。卡爾德以通用銀河公司的試飛主任的身分，於殖民星伊甸上的新愛德華基地負責YF-21的測試工作。已是統合軍中尉的勇也在此時調返故鄉，以試飛員的身分加入計畫，為另一競爭團隊試飛YF-19。而成為「夏濃之蘋果」經紀人的謬，則是為了公司的造勢活動而回到伊甸。在不預期的機緣中，三人終於又同時回到故鄉。這樣的重逢，挑起了他們心中塵封已久的心結。在新仇加舊恨下，勇與卡爾德兩人在超新星計畫中開始了激烈的互角。 同時，統合軍也正在進行一項秘密計畫——開發取代有人飛機的無人戰鬥機GHOST X-9，並將於第一次宇宙大戰勝利紀念日發表。這一陰影，正要降臨在超新星計畫與兩位主角的身上。 這一次，他們將為過去的矛盾作出最後的總決算。