Le meilleur ami de Willy, Jesse (jason James Richter), travaille maintenant avec Randolph (August Schellenberg) à observer des baleines dans les eaux reculées de la côte nord-ouest du Pacifique. C'est là que Jesse retrouve son majestueux ami de trois tonnes... et se lie d'amitié avec Max, un garçon de dix ans qui partage sa curiosité et sa passion pour les baleines.

Mais le père de Max, un pêcheur, possède un secret mystérieux qui pourrait menacer Willy et toute sa famille. Pour assurer leur sécurité, Jesse et Max entreprennent une palpitante mission de rescousse qui, pour réussir, exigera une bonne dose d'amitié, de courage et d'amour!