Kuten suositussa tv-sarjassa ja lastenkirjoissa, myös elokuvassa Elias ja kuninkaan laiva tapaamme Lunnin kylässä asuvan pienen pelastuslaivan nimeltään Elias, sekä kaikki tutut Eliaksen ystävät.Tällä kertaa pieni prinsessalaiva on kadonnut, ja kuninkaan laivalla on edessään pelastusoperaatio. Mutta kun kuninkaan laivakaan ei palaa matkaltaan takaisin, on pienen pelastuslaiva Eliaksen syytä ottaa selvää mitä oikein on tapahtunut.