Da en dødelig virus slipper løs fra den bioteknologiske virksomhed, Umbrella Corporation, forsegler supercomputeren The Red Queen hele det underjordiske forskningsanlæg og dræber alle medarbejderne. Alice og Rain får til opgave at isolere virusen, og de erfarer snart, at medarbejderne alligevel ikke er rigtig døde, men derimod en slags zombier. Alice og Rain må kæmpe med The Red Queen for at afværge en katastrofe og under deres arbejde finder de yderligere skræmmende resultater fra forskningen.