地球外生命体を乗せたNASAの探査機の空中大破により、メキシコにモンスターが生息し始めてから16年が経過。いまやモンスターの存在は世界各地でも確認されている。そんな中、中東のある場所でモンスター駆除にあたっていたアメリカ軍の部隊の連絡が途切れるという事態が発生。その捜索と救出の任務を下されたフレイター軍曹率いる部隊が、現地へ向かう。アメリカ軍の対モンスター空爆の巻き添えを受けた武装勢力と戦闘を繰り広げつつ任務を遂行していくが、彼らの前に巨大なモンスターが姿を現す。