La labirinto de la faŭno disvolviĝas en ne-identigita regiono en la nordo de Hispanio, dum la jaro 1944, kvin jarojn post la hispana civila milito. Ĝi rakontas la interesan vojaĝon de Ofelia (Ivana Baquero), 13-jara knabino tre ŝatanta fantaziajn librojn, kiu kune kun sia patrino, Carmen (Ariadna Gil), en malforta sanstato pro ŝia profunda gravedeco, translokiĝas en malgrandan vilaĝon, kie estis postenigita Vidal (Sergi López), kruela kapitano de la frankista ĝendarmaro (Guardia Civil), novedzo de Carmen (tial ke la patro de Ofelia mortis komence de la milito), ulo por kiu Ofelia sentas nenian inklinon. Kapitano Vidal estis postenigita tie por fini kun la lastaj restaĵoj de la respublikana rezistado, kaŝita en la montoj de la regiono, pro kio li ne hezitas uzi tutan serion da procedoj, inkluzivante mortigon kaj torturon, ankaŭ alproprigante al si kaj porciumante la proviantadon de la civila popolo de la regiono.