Tori (in originale Hajime), un ragazzo di 14 anni, dopo aver perso i genitori in una misteriosa esplosione va a vivere con suo zio, il professor Amamori, direttore dell'osservatorio astronomico di Tsukuba. All'osservatorio Tori conosce l'assistente dello zio, Kira Tesawa (in originale Yukino Yayoi), una strana e bellissima ragazza della quale diventa subito amico. Da loro apprende un terribile segreto: un enorme pianeta (Lamethal) è in rotta di collisione con la Terra, e lo scontro è previsto per il giorno 9 settembre 1999, alle ore 9, 9 minuti e 9 secondi. A quel punto entra in gioco la misteriosa "Regina dei 1000 anni" e la sua potente organizzazione, che sembra voglia aiutare i terrestri a salvare il loro pianeta.