Die neueste Errungenschaft des geheimnisumwitterten Pokemon-Wissenschaftlers Dr. Yung ist das Mirage-Computersystem, welches Daten ausgestorbener Pokemon-Arten dazu verwendet, diese wieder zu beleben. Professor Eich sowie Ash und seine Freunde wohnen einer Demonstration des Mirage-Systems im Haus des Doktors bei. Inmitten des Kampfes zwischen Pikachu und einem Pokemon aus dem Mirage-System hat die Maschine plötzlich eine Fehlfunktion: ein Aerodactyl entspringt ihr und entführt kurzerhand Dr. Yung. Zu allem Überfluss erscheint auch noch ein Mann, der sich der „Mirage-Meister“ nennt und behauptet, das System könnte dazu benutzt werden, um Pokemon bar jeglicher Schwäche zu erschaffen. Ash, Misty und Professor Eich haben nun alle Hände voll zu tun, diesen Verrückten aufzuhalten und lebend aus der Sache wieder herauszukommen.