La historia tiene lugar después de los acontecimientos de la serie,Momotaros y Kohana salen de la DenLiner por un día a visitar a Ryotaro y Airi después de su despedida como consecuencia de su batalla con Kai. Sin embargo, ven un tren fantasma misterioso.

When the Imagin and Kohana take a trip to visit Ryotaro and Airi, they are attacked by the legendary Ghost Train, and onboard are two Imagin and the evil Kamen Rider Yuuki, who is none other than Ryotaro! But when all hope seems lost, a blue DenLiner appears, delivering someone claiming to be Kamen Rider New Den-O! Just who is he, and can he help everyone save Ryotaro and save time once again?

イマジンたちとの戦いを終え、平穏な生活をおくっていたモモタロスたち。しかしそのころ、幽霊列車が現れるという妙な噂が巷に飛び交っていた。 モモタロスたちはその噂を探るために行動を開始するが、そこに謎の仮面ライダー、幽汽が現れる。その体には誘拐された良太郎が使われており、駆けつけた侑斗も幽汽の攻撃からハナを守るため重傷を負う。そのピンチに現れたのは新しい電王を名乗る戦士だった。 良太郎から託された「象を守れ」という謎のメッセージと古びたチケットとともに、モモタロスたちはおよそ300年前の時代へと飛ぶ。

最近，街头巷尾盛传出现了一辆幽灵列车。桃塔罗斯一行出发寻找，却遇上了假面骑士幽汽，而他的真身竟是遭绑架的良太郎。在幽汽的凌厉攻势下，侑斗身受重伤。赶来救助的是坐着崭新的时空列车的新的电王战士。以良太郎留下话——“保护象”和一张车票为线索，桃塔罗斯一行坐上列车驶向300年前的过去。究竟是谁绑架了良太郎迫使他变身？又是谁在暗中策划扭转生死、改变历史的阴谋？面对可怕的新敌人，良太郎展开了最后的战斗。

在得知幽靈列車的傳聞後，桃太洛斯決定展開行動，但此刻假面騎士幽汽卻出現了，而且他所使用的肉體居然是良太郎本人？桃太洛斯在得知良太郎委託要「保護象」的訊息後，即刻搭乘電列車回到三百年前。為了阻止企圖利用良太郎顛倒生死的敵人，決戰舞台將移到1729年的年代，一場新戰鬥將進入高潮！

Prenant place après les événements de la série, les Taros et Kohana sortent du Den-Liner pour rendre visite à Ryotaro et Airi. Cependant, ils voient un mystérieux train fantôme qui était mentionné dans les légendes urbaines. Momotaros et les autres sont attaqué par deux Imagin et Kamen Rider Yuuki Skull form. Durant le combat, il est révélé que Kamen Rider Yuuki n'est autre que Ryotaro possédé par un imagin. Même avec l'aide de Kamen Rider Zeronos, les choses semblent perdues, jusqu'à ce qu'un Den-Liner bleu apparaisse avec une nouvelle figure: Kamen Rider New Den-O.

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