Hedwig es va sotmetre a una operació de canvi de sexe que li va permetre casar-se amb un soldat americà i assolir la llibertat a l'altra banda del Mur de Berlín. Tot i això, l'operació va sortir malament i Hedwig es va quedar amb aquesta “polzada irritada” (“angry inch”) que dóna nom a la pel·lícula. En un parc de caravanes de Kansas, Hedwig va decidir formar un grup de rock. Així va conèixer Tommy Gnosis, un jove que va ser el seu amant i protegit abans d'abandonar-la, robar-li les seves cançons i triomfar com a estrella del rock. Acompanyada del seu grup paneslau, The Angry Inch, va seguir Tommy en la seva gira, tocant en locals mig buits. Per mitjà d'un collage de cançons, flashbacks i imatges animades, Hedwig explica la història de la seva vida i intenta treure partit de la premsa groga que s'hi interessa per haver estat amant del famós cantant de rock Tommy Gnosis.