1999年，在一個颱風天的晚上哥吉拉登陸了房總半島，使得館山市受到極大的破壞，自衛隊對哥吉拉的攻擊不僅束手無策，反而造成巨大傷亡！ 因此日本政府決定製造對付哥吉拉的特殊武器，因此以初代哥吉拉的骨骸為主體，研發出了三式機龍。 2003年，機龍製造完成，自衛隊為此成立了專屬的作戰部隊"機龍隊"，此時發現了哥吉拉正朝著東京的方向而來，於是便將機龍去派出去對付哥吉拉，沒想到機龍在與哥吉拉戰鬥時居然產生了自我意識，開始不受控制，哥吉拉趁此機會逃走，但是機龍卻開始四處破壞，造成城市巨大的損害。 日本政府只好因此暫時停止機龍作戰的計畫，但是此時哥吉拉卻出現在東京灣，自衛隊任何攻擊都無法抵擋哥吉拉，使得哥吉拉突破防線登陸了品川開始破壞，但是機龍隊隊員卻因為沒有接到出動的命令，只能待在基地眼睜睜地看著哥吉拉蹂躪著自己的城市，於是機龍隊的隊長只好前去找首相希望首相能夠批准機龍出動........