Kuolemaan tuomittu Cal Lynch päätyy osalliseksi Abstergo Industriesin pyörittämää Animus-projektia, jossa samaa nimeä kantavalla laitteella pyritään kartoittamaan koehenkilöiden geneettistä muistia. Lynchin suonissa virtaa 1400-luvun Espanjassa temppeliherroja vastaan taistelleen salamurhaaja Aguilar de Nerhan veri. Animuksen avulla Lynch lähetetään takaisin menneisyyteen, inkvisition runtelemaan Espanjaan paikantamaan Abstergo Industriesin hamuamaa voimallista taikaesinettä, Eedenin omenaa. Lynchin tietoja ja taitoja tarvitaan nyt taistelussa mahtavaa ja tyrannimaista Templar-organisaatiota vastaan.