Om morgenen den 16. oktober 1962 orienterer militæret præsident Kennedy om, at et amerikansk spionfly har fotograferet anlæg på Cuba, der uden tvivl er affyringsramper for sovjetiske atommissiler rettet mod USA. I tretten dage bevæger verden sig på kanten af en atomkrig. Høge på begge sider af jerntæppet taler for at slippe ragnarok løs, mens duer på begge sider forsøger at slå koldt vand i blodet på de krigsgale. Præsident Kennedy samler en stab af nære medarbejdere til at håndtere krisen, heriblandt sin personlige rådgiver, Kenny O'Donnell, og sin bror, justitsminister Robert Kennedy.