園田真理（芳賀優里亜）は菊池啓太郎の甥・条太郎（浅川大治）、海堂直也（唐橋充）、そして、いつしか戻ってきた草加雅人（村上幸平）とともにクリーニング店「西洋洗濯舗 菊池クリーニング店」を経営しながらオルフェノクの庇護を行っていた。一方、政府により企業再生されたスマートブレイン社は、オルフェノクの殲滅を目指す企業へと変貌を遂げ、北崎（藤田玲）が社を率いていた。ある日、追いつめられたオルフェノクを救うため、草加と海堂は仮面ライダーカイザとスネークオルフェノクとなり、殲滅隊隊長の胡桃玲菜（福田ルミカ）／仮面ライダーミューズと交戦。そこに現れたのは、数年前に真理たちの前から姿を消して以降、消息不明となっていた、あの乾巧（半田健人）だった。巧は、かつてとは異なる姿のファイズ・仮面ライダーネクストファイズへと変身し、スマートブレイン社の尖兵として、その力を使い始めた…！ネクストファイズに攻撃されて混乱する真理たち。巧はなぜスマートブレインにいるのか？今まで何をしていたのか？波乱を含んだ彼らの再会は、オルフェノクと人類をめぐる新たな物語のほんの序章に過ぎなかった。