Mit einer gestohlenen Zeitmaschine entflieht Agino Jiro dem despotischen 25. Jahrhundert und landet im 20. Jahrhundert. Weil er eine Energiequelle für den weiteren Betrieb der Zeitmaschine benötigt, bemächtigt er sich in unserer Zeit eines Autos, zieht aber dabei unbeabsichtigt einige Highschool-Schüler und ihren Lehrer in seine Flucht vor dem Agenten der Zeitpatrouille mit hinein. Immer weiter rückwärts in der Zeit reisend, versuchen sie dem Verfolger zu entkommen und erleben dabei Momentaufnahmen der japanischen Geschichte wie die Bombardierung Tokios, die Meiji-Revolution oder die Schlacht von Sekigahara. Im Jahr 1582 angekommen werden sie von Oda Nobunaga als Gäste aufgenommen. Es ist jedoch genau vier Tage vor dessen historisch dokumentierter Ermordung und so werden die Zeitreisenden vor die schwierige Wahl gestellt, ob sie den Lauf der Geschichte ändern sollen oder nicht …

In the new Calendar Year of 392, in Neo-Tokyo, a young man, Agino Jiro, steals a time synchronization system and tries to escape to the past. The authorities give chase and damage his ship in the pursuit, forcing him to land in modern day Tokyo, Determined, he breaks into a van and attaches the device, recklessly kidnapping Nobucho, Shinichi, Teko and their teacher, Hokubei. Their initial resistance force lands them in Tokyo on March 9th 1945, during the US bombing campaign. Escaping again to the past the group eventually arrives at the Warring States period. There the future and the past collide as factions from Jiro's era seek to alter their past at a pivotal moment at Honnoji.

Agino Jiro foge do despótico mundo do 26º século roubando uma máquina do tempo. Chegando ao século 20, ele é forçado a sequestrar um carro para usar como uma fonte de energia, e acidentalmente leva um grupo de estudantes do ensino médio, juntamente com seu professor. Eles viajam por diversos períodos de tempo até chegar em 1582, onde se tornam convidados de Oda Nobunaga, onde devem fazer uma difícil escolha.

时空的旅人全集故事讲述的是女高中生哲子穿越回到二战（东京大空袭），然后回到关原之战，以及本能寺之变。一场溯流直上的单程逃亡开始了……

未来から脱出してきた少年、アギノ・ジロは、哲子たちの乗るワゴン車をタイムマシンに改造し、過去の世界へ旅立った。東京大空襲、戦国時代など歴史の中をさ迷う少年達。戦火の中での哲子と戦時少年の出会い。歴史を変えようとする謎の一団と、それを守る時間管理局との戦い。そしてジロを追うタイムハンター、クタジマ・トシトとの追跡劇の末、着いた所は安土桃山時代。織田信長や森蘭丸と出会った一行は、そこが本能寺の変の直前であることを知る。果たして本能寺の変は起こるのか?少年達は元の時代へ帰れるのか?そして哲子と蘭丸の時空を超えた恋の行方は?謎の男クタジマの正体は?風雲急を告げる本能寺。そして意外な結末が---。