Der er gået to år siden Stuart flyttede ind hos familien Little. Men selvom Stuart stortrives, længes han alligevel efter en ven, der er helt hans egen. Så da en såret fugl ved navn Margalo pludselig lander i Stuarts bil og fortæller, at hun bliver truet af den onde Falcon, inviterer Stuart hende til at bo hos familien Little. Men da Margalo på mystisk vis forsvinder, tager Stuart og katten Snowbell ud på en halsbrækkende og hårrejsende færd, for at finde hende og løse mysteriet.