서기 2077년. 지구를 지배하는 사이보그들을 물리칠 수 있는 슈퍼 DNA를 가진 일종의 돌연변이 인간 알렉스를 생포하라는 명령이 판스워스 2에게 내려진다. 전 편에서 네뷸라란 사이보그가 알렉스와의 결전에서 패배했기 때문이다. 판스워스 2와 다른 지원팀들은 알렉스를 찾기 위해 타임머신을 타고 1988년의 동아프리카로 온다. 그들의 임무는 알렉스를 생포한 후 분자 구조를 검증하는 것과 알렉스가 2세를 통해 슈퍼 DNA 인간들을 증가시키려는 계획을 막는 것이다. 동아프리카의 사막. 알렉스는 머리를 다쳐 기억상실증에 걸려 있다. 그녀는 사막에 남겨진 자신의 기억을 되찾기로 결심하는데...

Using footage left over from Nemesis 2 and a very thin story line sees Alex again fighting the cyborg mercenaries in 1998 East Africa. This time, Alex finds that she has 20 half sisters who are waiting for her to return to 2077. Central Command wants Alex captured alive and scanned to see if her DNA is a strong and more powerful strain than the normal. But Alex may be too tough for Farnsworth to capture.

1978 in Ostafrika. Central Command will Alex lebend einfangen und gründlich untersuchen, um zu sehen, ob ihre DNA besser, stärker und leistungsfähiger geworden ist. Aber hier haben Sie die Rechnung ohne Alex gemacht.

Recuperata la memoria, Alex ricorda così il suo incontro con una ragazza, rivelatasi una sua "sorella di provetta", creata - insieme a molte altre - dalla resistenza umana dopo la sua fuga a ritroso nel tempo. La ragazza è stata inviata alla ricerca di Alex, per riportarla nel 2077 a combattere la battaglia finale contro i cyborg. Farnsworth 2 tenterà invano di estorcere all'una e all'altra il segreto celato nel DNA.

A kegyetlen kiborg zsoldosok visszatérnek, hogy elpusztítsák az emberiséget - alkotójuk, egy ember parancsára. Alex, a különleges emberi DNS-sel rendelkező mutáns felveszi a harcot ellenük, így ő marad az emberiség utolsó esélye. A kiborgok parancsnoksága élve akarja elfogatni Alexet, hogy megvizsgálják a rendkívül különös tulajdonságokat hordozó DNS-ét. Ám Alex túlságosan is kitartónak bizonyul a gépekkel vívott küzdelemben.

Met behulp van beelden die zijn overgebleven uit Nemesis 2 en een heel dunne verhaallijn ziet Alex opnieuw vechten tegen de cyborghuurlingen in Oost-Afrika van 1998. Deze keer ontdekt Alex dat ze twintig halfzussen heeft die wachten op haar terugkeer naar 2077. Central Command wil dat Alex levend wordt gevangengenomen en gescand om te zien of haar DNA een sterke en krachtigere soort is dan normaal. Maar Alex is misschien te sterk voor Farnsworth om gevangen te nemen.

Na opuszczonej Ziemi królują rozpacz i nieszczęście. Świat opanowały Cyborgi. Zbudowane przez ludzi jako doskonała broń, teraz zbuntowały się i zwróciły przeciw swoim konstruktorom. Nie spoczną, póki nie zgaszą ostatniej iskierki ludzkiego życia. Jedynie Alex - kobieta sztucznie stworzona na bazie ludzkiego DNA - jest w stanie się z nimi zmierzyć. Stanowi jedyną nadzieję na poprawę sytuacji. Śmiertelna, nierówna walka trwa.

В 2077 году киборги завоевали землю. У человечества оставалась только одна надежда — Алекс, женщина-мутант, уже известная зрителям по предыдущим фильмам. Киборги создали новое поколение, чтобы ее уничтожить. Фарнсуорт II с целой бригадой киборгов должен поймать ее, определить тип ее ДНК и узнать, не родила ли она потомство.

Пришедшая в себя и на 30 минуте вновь обретшая память, Алекс продолжает «мочить» врагов народа в разных временах в Африке, по-прежнему раздираемой гражданскими войнами. Есть у нее и помощники из числа наемников, есть и враги…

Centralkommandot skickar en agent tillbaka i tiden för att fånga in Alex och undersöka om hennes DNA innehåller sällsynta krafter. Agenten hittar henne i Östafrika år 1998, där hon bekämpar cyborgsoldater, men Alex visar sig vara svårfångad.