在2029年的日本「新港市」，打擊新型態科技犯罪的特殊部隊「公安九課」由生化人草薙素子率領其他隊員，因一起凶殺案開始追查神祕的駭客「傀儡師」，傀儡師能透過網路入侵人腦，竄改被害人的記憶。在查案的過程中，公安九課不僅發現傀儡師並非人類，更揭發了駭人的秘密，其中牽扯的不只是日本政府，還有草薙的未來……。